Cintenyは類似の生物間のゲノム配列を比較し、Synteny block（wiki）で描画するツール。人やマウスなどのデータについてはビルド済みのwebサーバーが提供されており、すぐにゲノム比較を行うことができる。
webサーバー
使い方についてのデモ動画。
http://cinteny.cchmc.org/doc/demo.php
whole genome analysis のsubmitをクリック。
上がヒトゲノム、下がチンバンジーゲノム。色が残っている領域が２生物間で類似している染色体領域となる。ただしこの画面ではどことどこがシンテシーを示すかは表示されていない。
確認したいシンテシー部分をクリックすると、染色体同士の比較像に切り替わる。
Cintenyでは新規プロジェクトも登録して比較できるようですが、手順が煩雑なので、スモールゲノムならばArtemisやmauveを使うことをおすすめします。
ACTサポートツール
mauve
引用
Cinteny: flexible analysis and visualization of synteny and genome rearrangements in multiple organisms
Amit U Sinha and Jaroslaw Meller
BMC Bioinformatics 2007 8:82
