macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

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植物ゲノムのLTRレトロトランスポゾンのアノテーションを行うパイプライン DANTEとDANTE_LTR

ロングターミナルリピート(LTR)レトロトランスポゾンは、ほとんどの植物種のゲノムにおいて、反復DNAエレメントの主要なクラスである。配列決定された植物ゲノムの数は加速度的に増加しており、植物ゲノムアセンブリ中のLTRレトロトランスポゾンの効率的な…

植物プロテオームの機能的アノテーションを行う mercator4

2019年の論文より すでに200種以上の植物のゲノム配列が発表されており、シーケンス技術の進歩により、この数は急速に増加すると予想されている。新しいゲノムが構築され、遺伝子が同定されると、オントロジーを用いてその推定翻訳産物であるタンパク質の機…

LAIスコアによる連続性の高い植物・藻類ゲノムアセンブリの品質比較を行うサイト PlantLAI

近年のゲノム解読の進歩により、解読されたゲノム数は増加している。しかし、反復配列の存在は植物ゲノムのアセンブリを複雑にしている。LTRアセンブリインデックス(LAI)は、LAIが高いほどアセンブリの質が高いことを意味することから、近年、ゲノムアセン…

植物の比較トランスクリプトームデータベース Plant Expression Omnibus(PEO)

Plant Expression Omnibus (PEO)は、100以上の植物種、約60,000の手作業でアノテーションされたRNA-seqサンプル、400万以上の遺伝子の遺伝子発現に関する知見を生物学者に提供するウェブアプリケーションである。このツールにより、ユーザーは異なる器官にわ…

>100,000の植物論文アブストラクトを網羅するナリッジネットワーク PlantConnectome

遺伝子の機能予測は生物学の理解に不可欠である。しかし、これらの予測は、実験的に特徴付けられた遺伝子の大規模なコレクションに依存しており、そのコンパイルには労力と時間がかかるだけでなく、科学文献の量と多様性を考慮すると不可能に近い。ここでは…

オルソログデータを探索・可視化する統合プラットフォーム OrthoVenn3

比較ゲノム研究の進歩により、種の進化や遺伝的多様性を研究することに関心が高まっている。この研究を促進するために、OrthoVenn3は、ユーザーが効率的にオルソログクラスターの同定とアノテーションを行い、さまざまな種にわたる系統関係を推論できる強力…

ヒートマップと遺伝子セットエンリッチメント解析のオンラインサービス HemI 2.0

近年のハイスループットなオミックス技術により、大量の生物学的データが生み出されている。このようなビッグオミックスデータを可視化することは、様々な生物学的問題に答えるために必要不可欠である。簡潔でありながら包括的な戦略として、ヒートマップは…

パンコムギ16ゲノムの存在・不在バリエーションを表現したパンゲノムグラフデータベース Wheat Panache

パンコムギ(Triticum aestivum L.)は最も広く栽培されている作物の一つであるが、増大する世界人口の予測需要に対応するために収量を増加させることが大きな課題である。気候変動に関連した収量損失は、21世紀半ばまでに17~31%に及ぶと予測されており(Ob…

シロイヌナズナの生物学的特徴を調べるFINderデータベース

近年の計算機アプローチや実験ワークフローの進歩により、ゲノムワイドな生物学的・ゲノムデータを比較的容易に、かつ一般的に取得することができるようになった。このハイスループット・データは、数百種類の植物のDNA(配列、メチル化、クロマチンアクセシ…

系統樹検索エンジン SHOOT.bio

遺伝子間の進化的関係を明らかにすることは、比較生物学研究の基本である。ここでは、SHOOTを紹介する。SHOOTは、ユーザからのクエリー配列を系統樹のデータベースと照合し、クエリー配列が正しく配置された系統樹を返す。SHOOTはBLAST検索に匹敵する速度で…

真核生物のシンテニックパンゲノムアノテーションを行う GENESPACE

多くの分類群において高品質な複数のリファレンスゲノム配列が利用可能になったことで、分子進化のパターンやプロセスを高解像度で見ることができるようになった。しかし、真核生物のほぼすべての系において、複数のリファレンスハプロタイプの情報を活用す…

植物の公共RNA-Seqライブラリを分析するためのユーザーフレンドリ―なデータベース PPRD

ハイスループットRNA-sequencing(RNA-seq)は、その低コストと高いカバレッジにより、ここ10年で最も人気のある遺伝子発現プロファイリング技術になった。その結果、植物界からのRNA-seqライブラリの数は近年飛躍的に増加している。トウモロコシ、イネ、ダ…

ゲノムアセンブリを修正したりscaffoldingするためのツールコレクション RagTag

作物のゲノム解析を進めるためには、高品質な個別ゲノムアセンブリによる効率的な遺伝子システムが必要である。ここでは、アセンブリーのscaffoldingやパッチを自動化するツールセットであるRagTagを紹介し、広く使われているトマトの遺伝子型M82と、機能的…

真核生物の比較ゲノミクスのためのゲノムブラウザ Genomicus

Genomicusは、真核生物の比較ゲノミクスに特化したデータベースおよびウェブサーバである。Genomicusの主な機能は、複数のゲノム間でのゲノムブロックの保存状態をグラフィカルに表現することであり、特定の遺伝子を中心とした局所的な保存状態や、核型比較…

オルガネラゲノムの遺伝子の多重整列を自動で構築するパイプライン HomBlocks

オルガネラの系統解析を行うためには、あらかじめアラインメントされた単一遺伝子データセットを連結したマルチ遺伝子アラインメントマトリクスを正確に構築する必要がある。しかし、数十から数百の相同遺伝子からなる高品質なマルチ遺伝子アラインメントを…

(イネ科)比較ゲノミクスとパスウェイの力を植物研究に生かす Gramene

Gramene(http://www.gramene.org)は、モデル植物と主要作物のゲノムおよびパスウェイデータの比較機能解析に基づいたナリッジベースで、世界中の農業研究者をサポートする。このリソースは、FAIRデータ原則に基づいて、オープンアクセスと再現可能な科学を…

植物の発現データの視覚化と探索を行う ePlant

現在のシステムバイオロジー研究では、異なる種類のデータを別々のソースからアクセスし、別々のツールを使って視覚化しなければならないという大きな課題がある。このようなワークフローをナビゲートするために必要な高い認知的負荷は、仮説の生成に悪影響…

事前計算された植物の遺伝子ファミリーの系統樹 PhyloGenes

著者らは、シロイヌナズナや他のモデル生物から得られた遺伝子機能に関する知識を、他の植物種に正確かつ効率的に伝達できるようにすることを目指している。このような知識移転は、植物の系統における個々の遺伝子やゲノム全体の重複のために、植物において…

HiFiロングリードを使ってhaplotype-resolved assemblyを行う Hifiasm

2022/03/26 Hi-Cと組み合わせた論文引用、ツイート追記 2023/02ツイート追記 2024/04/06 追記、help更新 Haplotype-resolved de novo assemblyは、ゲノム配列のバリエーションを研究するための究極のソリューションである。しかし、既存のアルゴリズムでは、…

様々な種のバリアント情報をまとめたデータベース Genome Variation Map(GVM)

Genome Variation Map (GVM; http://bigd.big.ac.cn/gvm/) は、ゲノム変異の公開データリポジトリである。幅広い種のゲノム変異を収集・統合することを目的としており、世界中から様々な変異タイプの投稿を受け付けており、世界中の研究活動を支援するために…

LTRレトロトランスポゾンを識別可能な割合でゲノムアセンブリを評価するIndex LAI

2020 11/7 タイトル修正 2020 11/8 感想追加 2020 11/11 誤字修正, タイトル修正(”主に植物”を削除) 構造的特徴に基づくコンピュータプログラムを用いたLTR要素の同定は効率的であるが(10,11)、多数の偽陽性(4)に悩まされている。最近、インタクトなLTRレ…

ゲノムアセンブリからLTR-RTを同定する LTR_retriever

2020 11/6 追記 2023/01/010. 01/11 インストール手順修正 Long terminal repeat retrotransposons (LTR-RT)は植物ゲノムに多く存在する。LTR-RTの同定は、高品質な遺伝子アノテーションを実現するために重要である。しかし、これらのプログラムは特異性が低…

(植物)葉緑体ゲノム配列を自動で完全にアノテーションする CPGAVAS2

葉緑体ゲノムの完全長配列は、種の進化の歴史に関する豊富な情報を提供している。次世代シークエンシング技術の進展に伴い、葉緑体ゲノムの完全配列の数は飛躍的に増加すると予想されており、ゲノム配列をアノテーションするための強力な計算機ツールが急務…

(コムギなど)倍数性ゲノムのホモログ特異的なプライマーを自動作成する AutoCloner

2020 7/27 誤字修正 小麦のような倍数性の生物は、分子生物学の最も単純な手順さえも複雑にしている。農作物のゲノム配列に関する知識は急速に増加しているが、研究者の間では、すべての種の完全な全ゲノムを作成するまでにはまだ長い道のりがある。そのため…

Kmasker

多くの植物ゲノムは、高レベルのrepetitive sequencesを持っている。ハイスループットシーケンスリードを使用したこれらの複雑なゲノムのアセンブリは、依然として困難な作業である。これらのデータセットの repeat complexity を過小評価または無視すると、…

植物ゲノムの代謝遺伝子クラスターを検出する PhytoClust

代謝遺伝子クラスター(MGC)は、特定の代謝パスウェイのゲノム上で共局在し、潜在的に共制御される遺伝子である。細菌のオペロンとは対照的に、それらは単一の転写ユニットの制御下にはない。 MGCは真菌ゲノムによく見られ、MGCは植物の例外としてのみ発生…

植物遺伝子のファミリー分類とエンリッチメント解析を行うwebサービス GenFam

ハイスループットシーケンシング(HTS)技術を用いたゲノムスケールの研究では、様々な実験条件で発現が異なる遺伝子のリストが作成されている。これらの遺伝子リストは、下流の機能的遺伝学的解析を導くために、生物学的に関連する遺伝子と関連する機能を絞…

公開されている真核生物アセンブリを分析する BlobToolKit

2020 6/15 追記 種の起源について不可知なシーケンスデバイスによって作成されたシーケンシングデータから標的ゲノムを再構築する場合、汚染された DNA によって混同される可能性がある。サンプル処理中に混入した場合でも、標的DNAとの共抽出によって混入し…

トランスポゾンを分類する TEsorter

Transposable elements(TE)は真核生物ゲノムの重要な部分を構成するが、それらの分類、特にクレードレベルでの分類は依然として困難である。 この目的のために、TEの保存されたタンパク質ドメインに基づいたTEsorterを提案する。 TEsorterはTE、特にLTRレ…

植物のRNA seqデータからvirus配列を検出する Kodoja

ウイルス感染は、食物と燃料のために栽培される作物で特に重要な問題である。ウイルスは収量と品質の大きな損失を引き起こし、その結果、ウイルスは重要な経済的悪影響を及ぼす[ref.1]。英国では、ポテトウイルスYは年間3,000〜4,000万ポンドのジャガイモの…