protein-to-genome alignment
著者らは、真核生物ゲノムにおける遺伝子予測のための高速かつ高精度なアルゴリズムの作成に向けて、いくつかのステップを踏んできた。まず、ab initio gene findingを効率的に行うための自動化手法、GeneMark-ESを導入し、教師無しでパラメータを繰り返し学…
2023/01/05 追記 2023 01/13 パラメータの解釈間違いを修正 Exonerateはペアワイズ配列比較のためのツール。DNAとcDNA(EST)、DNAとタンパク質間のアライメントを行うことができる。アライメントモデルに基づき、ギャップありアライメント、ギャップなしアラ…
Githubより Miniprotは、タンパク質配列をゲノムに対してアフィンギャップ・ペナルティ、スプライシング、フレームシフ トでアライメントする。Miniprotは、他の既知の種の遺伝子を用いて、新しい種のタンパク質コード遺伝子をアノテーションすることを主な…
2017
BMC Bioinformatics
Viruses
mapping
docker
clinical and diagnostic
HIV
protein-to-genome alignment
ヒト免疫不全ウイルス1型（HIV-1）療法の分子標的は逆転写酵素（RT）、プロテアーゼおよびインテグラーゼを含む。これら遺伝子は臨床ラボで最も一般的にシーケンシングされた遺伝子の1つである。多くの国で、これらの遺伝子は、HIV-1薬物療法を開始する前の…
