macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

protein-to-genome alignment

MiniprotとAUGUSTUSによるゲノムアノテーションを行う GALBA

2023/09/01 論文引用 アース・バイオゲノムプロジェクトによって、利用可能な真核生物ゲノムの数は急速に増加しているが、公開されたゲノムのほとんどは、タンパク質をコードする遺伝子のアノテーションが不足している。さらに、いくつかのゲノムではトラン…

miniprotを使うことでゲノムからのBUSCO評価の精度と速度を改善したcompleasm

2023/07/01 名前をminiBUSCOからcompleasmに差し替え 2023/09/29 論文引用 ゲノムアセンブリの完全性評価は、ゲノムデータの正確性と信頼性を評価する上で重要である。不完全なアセンブリは、遺伝子予測、アノテーション、その他のダウンストリーム解析にお…

ProtHint

著者らは、真核生物ゲノムにおける遺伝子予測のための高速かつ高精度なアルゴリズムの作成に向けて、いくつかのステップを踏んできた。まず、ab initio gene findingを効率的に行うための自動化手法、GeneMark-ESを導入し、教師無しでパラメータを繰り返し学…

gff3出力をサポートを追加したexonerateのフォーク exonerate-gff3

2023/01/05 追記 2023 01/13 パラメータの解釈間違いを修正 Exonerateはペアワイズ配列比較のためのツール。DNAとcDNA(EST)、DNAとタンパク質間のアライメントを行うことができる。アライメントモデルに基づき、ギャップありアライメント、ギャップなしアラ…

タンパク質配列をゲノム配列に対してintron (gap) awareで高速にアラインメントする Miniprot

Githubより Miniprotは、タンパク質配列をゲノムに対してアフィンギャップ・ペナルティ、スプライシング、フレームシフ トでアライメントする。Miniprotは、他の既知の種の遺伝子を用いて、新しい種のタンパク質コード遺伝子をアノテーションすることを主な…

HIVのアミノ酸配列にアライメントを行う NucAmino

ヒト免疫不全ウイルス1型(HIV-1)療法の分子標的は逆転写酵素(RT)、プロテアーゼおよびインテグラーゼを含む。これら遺伝子は臨床ラボで最も一般的にシーケンシングされた遺伝子の1つである。多くの国で、これらの遺伝子は、HIV-1薬物療法を開始する前の…