macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

protein-to-genome alignment

タンパク質配列をゲノム配列に対してintron (gap) awareで高速にアラインメントする Miniprot

Githubより Miniprotは、タンパク質配列をゲノムに対してアフィンギャップ・ペナルティ、スプライシング、フレームシフ トでアライメントする。Miniprotは、他の既知の種の遺伝子を用いて、新しい種のタンパク質コード遺伝子をアノテーションすることを主な…