mask
2023/02/27 intron addに追記 HPより AGATは、あらゆる種類のGTFやGFFの欠落情報（特徴や属性）をチェック、修正、追加し、完全でソートされた標準的なgff3形式を作成する能力を備えている。長年にわたり、GTF/GFFフォーマットファイルに関連するあらゆるタ…
タイトルの通りのツール。ランするにはRed (Repeat Detector) とbiopythonが必要。 インストール Github mamba create -n red python=2.7 -yconda activate red#red,biopython,natsortmamba install -c bioconda -y red biopython natsortgit clone https://…
2021 3/26 コマンド追加 2022/12更新 2023/01/08, 01/9 追記 RepeatMasker は、DNA 配列をスクリーニングして、散在したリピート配列や、複雑性の低い DNA 配列を検出するプログラムである。プログラムの出力は、クエリ配列に存在するリピートの詳細なアノテ…
bedtoolsを使う。 Document bedtoolsのインストール 本体 Github #bioconda(link)condaw install -c bioconda -y bedtools > bedtools maskfasta $ bedtools maskfasta Tool: bedtools maskfasta (aka maskFastaFromBed) Version: v2.29.0 Summary: Mask a f…
2019 8/9 説明の誤り修正 2019 9/15 両鎖クラスタリングのコメント追加 2024/06/17 追記 Rockström et al. (2009) とSteffen et al. (2015) は、生物多様性の損失を人類の短期生存のための主要な脅威として提示した。シークエンシング技術における最近の進歩…
komplexityはFAST [A / Q]ファイルから複雑度の低いシーケンスをすばやく計算および/またはマスクするために開発された。複雑さを評価するために、長さで割ったシーケンス上の一意のk-mer値を使用する。例えばk = 4の場合、正規化複雑度スコアが<0.55である…
2018 12/02 mafftコマンドの誤り修正 系統的なデータセットには、品質の低い配列または誤った遺伝子モデルのために、常に、相同性のないストレッチが含まれる。大規模なデータセットでは、これらの手動によるキュレーションはできないが、この作業を自動化で…
2020 4/17 インストール追記、help更新 ゲノムシーケンスのコストが減少するにつれて、大規模なシーケンスデータセットを取り扱う際のストレージおよび計算上の負担が増大する懸念がある。ヒトゲノムの全ゲノムシーケンシングを30倍のカバレッジにすると、お…
#2018 9/20 brew によるインストールとprimer3のコマンド追加、10/22 わかりにくい部分を修正 2020 3/9 インストール手順修正、3/18 誤字修正 2021 4/18 インストール手順修正 Primer3_maskerは、ゲノムに対してk-mer頻度のデータベースを構築し、プライマー…
RepeatMaskerはTEなどの検索によく使われているが、プリコンパイルされたライブラリを必要とする。ゲノム解析された哺乳類では、このプリコンパイルされたライブラリを用いてTE検索が可能になるが、植物で近縁種のゲノムを使った場合、うまくいかないことが…
RepeatScoutはゲノム中のトランスポゾンなどのリピートを探すツール。リピートを見つけると、そのシードを保存性がなくなるまで伸長する戦略をとることで、見つかりにくい長くてやや配列に違いがあるリピートまで探索することが可能とされる（タンデムリピー…
20196/13 タイトル修正 2020 7/24 bbdukコマンド追記 の続き。BBtoolsの残りのコマンドを紹介する。紹介するのは以下のコマンド。 Reformat - フォーマット変換やクオリティトリミング。 Repair - ペアリードの順番が壊れたファイルを修復する。 Stats - ア…
追記 bedgraph出力 2019 9/4 インストール、twitterリンク追加 BEDファイルのオーバーラップ領域を抽出したり、マージしたりできるツール。BED以外にGFF、VCFも扱うことができる。bedtools <command> -a .bed -b .bedという使い方が基本。-aで指定したbedを-bで指定し</command>…
