タンパク質の要約統計を出力するEMBOSSのpepstatsコマンド

EMBOSSのpepstatsは、1つ以上のタンパク質配列からタンパク質の特性に関する様々な統計情報を出力する。 emboss pepstats https://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/pepstats.html インストール conda|mambaやbrewで導入できる。 #biocondamamba…

2020-10-28

All Versus Allの配列比較（sequence comparison）を行うEMBOSSの needleall

sequence comparison 2000 Trends in Genetics all versus all sequence comarison

2020 10/29 vsearchのコマンド追記 needleall は入力された一連の配列を読み込み、それらをすべて 1 つ以上の配列と比較し、最適なグローバル配列のアラインメントをファイルに書き込む。Needleman-Wunschアライメントアルゴリズムを使用して、全長に沿った2…

2017-10-17

EMBOSSのseqretを使ってfastaファイルを修復する

format conversion fasta/fastqの操作 tips 2000 GenBank

2019 6/19 インストール追記、7/15 タイトル修正、8/7リンク追加、10/3コメント追加 2024/10/23誤字修正 fastaファイルをいじっていると、何らかの拍子に構造がおかしくなってsamtoolsのindexでsegmentation errorを起こすことがある。途中に空行ができてい…

2017-10-15

リファレンス配列に点変異やSVを導入するEMBOSSのmsbar

small indel structural variations (SV) simulator artificial indels Trends in Genetics 2000

2019 7/16 タイトル修正 EMBOSSパッケージのmsbarを使うと、リファレンスに変異を導入することができる。変異のシミュレーション実験などに使える機能である。公式サイト http://emboss.sourceforge.net EMBOSS: msbar インストール embossはcondaやbrewで…

2017-09-08

マルチプルアライメントを行う T-Coffee

multiple sequence alignment (MSA) Journal of Molecular Biology 2000

T-Coffee（Tree based Consistency Objective Function For AlignmEnt Evaluation）はマルチプルアライメントを行うツールである。始めに２つずつ配列を比較し、それから全部の配列を使いマルチプルアライメントを実行する。従来のclustalより高速に動作する…