protein-protein interaction (PPI)
タンパク質間相互作用は、細胞内のきわめて多様な機能を媒介しており、そのため結合様式も多岐にわたる。近年、タンパク質構造の全体像を網羅的に把握し分類しようとする大規模な取り組みが進んでいる一方で、相互作用界面の構造多様性をインタラクトーム規…
2026/08/16 追記 AlphaFold3などによるタンパク質複合体構造の正確な予測は、タンパク質間相互作用（PPI）の存在を予測するために利用されてきたが、計算上の負担が大きく、実用性にも疑問があるため、この手法が全ゲノムに適用されたことはなかった。本研究…
2026/08/15 間違いを修正 タンパク質間相互作用は、ほぼすべての細胞プロセスの基盤である。AlphaFold2（AF2）のようなタンパク質構造予測法の登場により、特定のタンパク質ペアのモデルは多くの場合、非常に正確に構築できるようになった。しかし、与えられ…
バイオインフォマティクスWebサーバーは、豊富な可視化機能を備えた専用インターフェースを通じてデータセットの対話的探索を可能にする、現代の生物医学研究における重要な資源である。しかし、主として人間を中心に設計されているため、大規模言語モデル（…
タンパク質とリガンドの結合部位（LBS）に関する知見は、生物学の理解を深め、医学やバイオテクノロジーといった分野で実用的な応用を進める上で極めて重要である。PrankWebは、与えられた三次元構造からLBSを予測できるウェブサーバーであり、結合部位予測…
xBindは、大規模言語モデル（LLM）を活用した、分子間（タンパク質間、タンパク質-DNA間、タンパク質-RNA間）のタンパク質結合部位予測を行うための、対話型かつ自由に利用可能な、高度にカスタマイズ可能なウェブサーバーである。xBindは、ESM-2モデル由来…
タンパク質とリガンドの相互作用を解明することは、生物学的メカニズムの理解と創薬の加速に不可欠である。事前の知識なしに結合部位を特定するブラインドドッキングは、クライオ電子顕微鏡やAlphaFold3などのAIベースの予測ツールによって生成される膨大な…
2026/02/02 追記 タイトルの通り｡インストールと使う流れだけ簡単に見ていきます｡ HP https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/tools/boltz.html Making Boltz Structure Predictions in ChimeraX https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/data/boltz-apr20…
2024/10/31追記、論文引用、11/02追記 プロテオーム全体にわたる新しいタンパク質間相互作用（PPI）を発見することは、新しいタンパク質の機能を理解し、生物内あるいは生物間のシステム特性を解明する上で大きな可能性をもたらす。近年の計算構造生物学、特…
タンパク質-タンパク質相互作用（PPI）は多くの細胞内プロセスを支えており、変異によるその破壊は疾患の原因となる。AlphaFold2のようなタンパク質構造予測手法の進化と、広範な実験的親和性データの利用可能性に伴い、タンパク質-タンパク質複合体における…
構造解析されたタンパク質と他のタンパク質、ペプチド、核酸との相互作用は、分子メカニズムを理解するための鍵となる。PPI3Dウェブサーバーは、前処理されクラスタ化された構造データを照会し、結果を解析し、タンパク質相互作用について相同性ベースの推論…
タンパク質間相互作用(PPI)は生物学において普遍的なものであるが、生化学的プロセスの根底にあるPPIの包括的な構造解析は不足している。AlphaFold-Multimer(AF-M)はこの知識のギャップを埋める可能性を秘めているが、標準的なAF-Mの信頼性指標では、関連す…
2024/02/07 タイトル変更 人工知能はタンパク質構造予測の分野に革命をもたらした。しかし、より強力で複雑なソフトウェアが開発されるにつれ、エンドユーザーにとって制限要因になりつつあるのは、能力よりもむしろアクセシビリティと使いやすさである。こ…
従来の比較ゲノム解析と比較して、近年のパンゲノミクス研究は、種のゲノム動態、分類・同定、病原性、環境適応について、さらなる洞察をもたらしている。そこで、原核生物のパンゲノム動態を包括的にプロファイリングするために、古細菌23種、細菌1,481種（…
遺伝子とタンパク質の相互作用に関する知識は、生体分子研究にとって不可欠である。このような知識の大部分は文章で公開されており、構造化された方法でアクセスすることはできない。この状況を改善するために、自動的に抽出された相互作用の事実のリポジト…
バイオアッセイの改良により、新しいタンパク質間相互作用（PPI）の同定率が大幅に向上し、検出されたヒトPPIの数は、初期のヒト・インタラクトームの推定サイズを大幅に上回っている。これらの新しいPPIは、疾患メカニズムのより完全な見解を提供しているが…
2021 11/8 タイトル修正 細胞の生命活動は、生体分子間の複雑な機能的相互作用によって成り立っている。その中でも、タンパク質-タンパク質間の相互作用は、その多様性、特異性、適応性から特に重要である。STRINGデータベースは、物理的相互作用と機能的相…
大量の個々のタンパク質または遺伝的相互作用、およびRNA、DNA、膜、炭水化物、低分子代謝産物の相互作用から集約された生物学的相互作用ネットワークは、遺伝子と表現型の関係およびすべての細胞の機構的基盤を理解するためのフレームワークとして機能する…
個々のタンパク質の構造的および機能的情報が蓄積されているが（ref.1–3）、それらの相互作用に関する知識は断片化されたままになっている。いくつかの相互作用は、たとえばlarge cellular machineries（ref.4〜6）の3次元再構築のコンテキストで非常によく…
