2009
2021 8/24 誤字修正 SAMファイルのFLAGフィールドは、10進数で0から65535 (2^16-1) の間の値を取る。bitwise FLAG になっていて、２の累乗（2^n）でアラインメントの状態（プロパティ、属性）が定義できる。複数の属性を定義できるようになっている。各桁の…
2022/03/28 URL 更新, POCP matrix追記 Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteriaより 次世代シークエンシングアプローチの展開により、完全にシークエンシングされたゲノムの数は急速に増加している。その結果、単一ゲノムだけでなく、関連…
ESTシーケンスは、タンパク質コード配列を迅速に収集するための多目的なアプローチである。それらは、ゲノムデータからの遺伝子予測の依然としてエラーを起こしやすい手順をバイパスして、生物の遺伝子レパートリーへの直接アクセスを提供する。したがって、…
2019 10/20 誤字修正 2019 10/26タイトル修正 従来の生物学的研究アプローチでは、通常、一度に1つの遺伝子またはいくつかの遺伝子を研究する。対照的に、ハイスループットゲノム、プロテオミクス、およびバイオインフォマティクススキャニングアプローチ（…
AmiGOのペーパーより Gene Ontologyプロジェクト[GO（http://www.geneontology.org）; Gene Ontology Consortium、2000]は、構造化された統制語彙、またはオントロジーを開発し、遺伝子およびその産物（遺伝子産物）の基本的な特性を種に依存しない方法で記…
2019 2/26 インストール追記 2019 12/8 追記 2020 3/25 conda追記 2020 10/13 1.11追記2021 2/17 新しい論文を引用、ツイート追加 2021 dockerについて追記 2022/05/12 追記 v1.15 あけましておめでとうございます。今年もよろしくお願い致します。 samtools…
2020 5/14 help追記 2021 1/23 condaによるインストール追記 マルチプルアライメントを行うとアライメントがほとんどできない領域ができることがあるが、そういった領域は情報として利用するのが難しいため、一般的に除去しても問題にならない。trimAIはラー…
ABACASはサンガー研の開発したReference-assisted assemblyなアセンブル法である。2009年に論文が発表された。サンガー研のACTやMummerの機能と連携しており、ランと結果の分析にはこの２つがインストールされている必要がある。その他の特徴として、primer3…
