macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

系統マーカー遺伝子に分類群を割り当てる AmphoraNetと結果を視覚化するAmphoraVizu

メタゲノム解析はここ数年、目覚しい発展を遂げた。今日、遺伝子配列決定の専門家だけでなく、他の専門分野の多くの研究室が、臨床サンプルや環境サンプルから得られたDNA配列を解析する必要がある。メタゲノム解析データの系統解析は、生物学者やバイオイン…

真菌のITSやコアタンパク質コード遺伝子を使った系統解析を自動で実行する UFCG pipeline

UFCG pipelineを使うと、真菌のITSやコアタンパク質を使った系統解析を自動で実行できます。簡単にですが、使い方を確認しておきます。 UFCG is a database&pipeline for fungi phylogenomics. Our db contains 61 marker genes, 20 widely used & 41 novel …

ショートリードからの株レベルメタゲノムアセンブリを行う StrainXpress

次世代シーケンサーを用いたメタゲノム解析により、長時間の培養を必要とせず、特徴的な生息環境にある微生物を同定することが可能になった。重要なことは、薬剤耐性、病原性、環境との相互作用など、臨床に関連する現象が種内で既に変化している可能性があ…

NCBI SRA Run Selectorを使う

SRA Run Selectorは、SRAに保存されている大規模なランのセットを取り出し、どのランを解析に使用するかを絞り込み、結果をメタデータとしてダウンロードすることができる。 NCBI-Hackathons/SRA Run Selector Tutorial https://github.com/NCBI-Hackathons/…

Demultiplexingを行う fgbioのDemuxFastqsコマンド

fgbioはディープシーケンシングデータを扱うためのコマンドラインツールキット。リードレベルのデータ(FASTQ、SAM、BAMなど)やバリアントレベルのデータ(VCF、BCFなど)を操作する。特に次のようなものを提供することに重点を置いている(Githubより)。 …

原核生物ゲノムのアセンブリ結果およびアノテーションを改善するためのWebプラットフォーム ReNoteWeb

DNA塩基配列の解読にかかる費用と時間が短縮されたことにより、NCBI(National Center for Biotechnology Information)のような公開データベースへの生物情報の寄託が大幅に増加した。1回の実行で大量のデータが生成されるため、この新しい特徴を持つデータ…

全自動のトランスポーザブル・エレメントのアノテーションと解析のパイプライン Earl Grey

トランスポーザブル・エレメント(TE)は、ほぼ全ての真核生物ゲノムに存在し、様々な進化過程に関与している。TEに関する研究は非常に盛んだが、そのアノテーションと特性解析は、特に非専門家にとって依然として困難である。(i)断片的で重複するTEアノテー…

BUSCOを使った系統解析

2022/09/13 追記、誤字修正 Current Protocols in BioinformaticsにBUSCOの使い方に関する論文が出ています。(引用1)。その論文のパートの1つ;”Support Protocol 3: BUILDING PHYLOGENOMIC TREES”では、BUSCOがシングルコピーの系統マーカー遺伝子を取り…

(ヒト)バリアントの機能的アノテーションリソース FAVOR

大規模な全ゲノムシークエンシング(WGS)研究とバイオバンクにより、多数のコーディングおよびノンコーディングバリアントが急速に生成されている。これらは、ヒト疾患の遺伝的基盤を明らかにするための前例のないリソースを提供する。バリアント機能アノテ…

バリアントコーリングを自動化する柔軟でスケーラブルなパイプライン grenepipe

本著者らは、個体や集団のハイスループットな生シーケンスデータから遺伝子型バリアントコールまでのデータ処理を効率化するオールインワンSnakemakeワークフローであるgrenepipeを開発した。このパイプラインは、一般的なソフトウェアツールを単一の設定フ…

海洋環境ゲノムをマイニングするためのオンラインサービス The Ocean Gene Atlas v2.0

Tara Oceansの海洋メタゲノムやメタトランスクリプトームのような大規模データリソースを用いて遺伝子の生物地理に関する仮説を検証するには、多大なハードウェアリソースとプログラミングスキルが必要になる。今回リリースされた「Ocean Gene Atlas」(OGA2…

メタゲノムの株レベルプロファイリングを行う PStrain

2022/09/07, 9/8 追記 微生物群は、人間の病気や生理活動に不可欠な役割を担っている。ゲノム配列の株レベルの違いにより、微生物の機能が異なることがある。ショットガン・メタゲノムシーケンスを用いると、微生物群集の菌株を実用的にプロファイリングする…

GenBank Flat File FormatとJSON間の変換を行う GBSON

HPの解説より GenBank Flat File Format (.gb または .gbk) は、核酸やタンパク質の配列とそのアノテーションを保存できるファイルフォーマットとして広く利用されている。NIHの遺伝子配列データベース「GenBank」(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)…

塩基をハッシング(ハッシュ化)する ntHash

ハッシングは、配列アラインメント、ゲノムおよびトランスクリプトームアセンブリ、 k -mer計数および誤り訂正を含む、多くのバイオインフォマティクスアプリケーションにおける索引付け、照会および迅速類似性検索に広く使用されている。 したがって、ハッ…

フラボノイド生合成候補を探索する KIPEs

フラボノイドの生合成は、植物における特殊な代謝と転写制御のモデル系としてよく知られている。フラボノイドは、紫外線防御や花粉媒介者の誘引など多くの生物学的機能を持つだけでなく、バイオテクノロジーの可能性も秘めている。ここでは、フラボノイド生…

サテライトDNAモチーフをアセンブルする SRF

Satellite Repeat Finder(SRF)は、ゲノム上で何度もタンデムに繰り返されるサテライトDNAのモチーフを組み立てるツールである。ショートリード、高精度ロングリード、高品質コンティグを入力とし、各リピートユニットのコンセンサスを報告する。SRFは、de …

keggcharter

Githubより KEGGCharter は KEGG API と Pathway 機能のユーザーフレンドリーな実装です。特徴は KEGG ID から KEGG Orthologs (KO) への変換、および KO から EC 番号への変換。 主要な分類群の代謝ポテンシャルを KEGG メタボリックマップで表現(上位 10 …

細菌の非リボソームペプチドの生合成遺伝子クラスターを発見する Nerpa

微生物由来の天然物は、創薬のための生物活性化合物の主要な供給源である。その中でも、非リボソームペプチド(f)は、抗生物質、免疫抑制剤、抗がん剤を含む多様な天然物のクラスである。近年の天然物探索の進歩により、数千種類のNRPの化学構造が明らかに…

複数サンプルを使った効率的な転写産物アセンブラ PsiCLASS

RNA-seqリードからの転写産物アセンブルは、遺伝子発現やその後の機能解析において重要なステップとなる。本発表では、複数のRNA-seqサンプルを同時に解析するアプローチに基づく、正確かつ効率的なトランスクリプトアセンブラであるPsiCLASSを紹介する。Psi…

未知微生物種も含めてメタゲノムプロファイリングする MetaPhlAn 4

2022/8/26 追記 2022/09/07 インストール修正 メタゲノム解析は、微生物群集から新規生物を発見することを可能にするが、多くのメタゲノムからは、少数の豊富な生物しか捕らえることができない。そこで、メタゲノム解析と単離ゲノムの情報を統合し、より包括…

メタゲノムの分類学的プロファイリングを行う mOTUs3

2022/09/07 誤字修正、オプション追記 分類学的プロファイリングは、生物試料中の微生物の相対的な存在量を検出・定量することを目的としたマイクロバイオーム研究の基本的なタスクである。ショットガンメタゲノムデータを利用する方法は、一般に、配列決定…

真菌のコア遺伝子データベースとゲノムワイド系統解析のためのパイプライン UFCG

系統発生学では、生物の進化的関係をゲノム情報によって研究する。各生物から関連する遺伝子を抽出し、多重配列アラインメントを構築し、系統樹によって進化関係を再構築するのが一般的なアプローチである。この解析には、分類群内での効率的な自動化を可能…

2ラウンドのオーバーラッピングとキャッシュに基づく高速エラー訂正を行う Fec

第3世代シーケンサーは長いリード長でゲノム解析を進めるが、リードのエラーレートが高いため、エラー訂正が必要になる。特にシーケンスカバレッジが高い場合、エラー訂正は時間のかかる作業である。一般に、既存の誤り訂正手法は、重複するリードAを訂正す…

ゲノムアセンブリ間でリードを素早くリマッピングする FastRemap

ゲノムリードデータセットは、一般的に使用されている CrossMap ツールなどの様々なツールを用いて、あるリファレンスから別の類似したリファレンス(例えば、2つのバージョンの異なる間や2つの類似した種間)へ迅速かつ効率的に再マッピングすることができ…

関心のあるあらゆる生物のWGSデータセットに対して、SV、SNP、IN/DEL、およびCNVのコールとアノテーションを実行する PerSVade

2022/08/22 オプション追記 構造バリアント(SV)はゲノムの変異の根底にあるものだが、ショートリードからの検出が困難なため、見落とされることがよくある。ほとんどのアルゴリズムはヒトでテストされており、他の生物にどの程度適用できるかはまだ不明で…

シングルブレイクエンドバリアントと構造バリアントのフェージングにより体細胞構造変異の包括的な評価を行う GRIDSS2

GRIDSS2 は、片側のみが明確に決定できるブレイクポイントであるシングルブレイクエンドを明示的に報告する初めての構造的バリアントコーラーである。シングルブレイクエンドをブレイクポイントと同様に基本的なゲノムリアレンジメントシグナルとして扱うこ…

InParanoidをDIAMONDにより高速化した InParanoid-DIAMOND

バイオインフォマティクスにおいて、祖先を共有する異なる生物種の遺伝子であるオルソログを予測することは重要な課題である。オルソログ予測ツールは、大量のデータを実行可能な時間内に解析するために、正確かつ高速に予測することが要求される。InParanoi…

ユーザーフレンドリーなデータ可視化ウェブサーバー ImageGP

データの可視化は,研究者の間で結果を説明し,知識を共有するために重要な役割を果たす.しかし、多くの可視化ツールは十分なコーディング経験を必要としたり、特殊な用途のために設計されていたり、無償でなかったりする。ここでは、生物・化学データの可…

アンプリコンベースの菌叢解析のための包括的なプラットフォーム MOCHI

微生物叢の解析は、健康や科学にとって重要な意味を持つ。これらの解析では、16S/18S rRNA遺伝子シーケンスを利用して分類群を同定し、種の多様性を予測する。しかし、微生物叢データを解析するための利用可能なツールのほとんどは、適切な実装のために熟練…

分類学的情報の注釈付き系統樹を生成する TaxOnTree

系統解析は、遺伝子/タンパク質/種の進化を解析し、説明するために広く用いられている手法であり、DNA/ゲノムの配列が決定されている種の増加に伴い、その恩恵を受けている。数百の生物種の塩基配列から系統樹を作成することは、日常的な作業と考えること…