macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

lncRNA

非コード転写産物のマルチマッピングおよびマルチオーバーラッピングアラインメントのあいまいさに対処するRNA-seq定量ツール MGcount

2022 1/27追記 トータルRNAシーケンス(total-RNA-seq)により、コーディングとノンコーディングの両方のトランスクリプトームを同時に研究することができる。しかし、計算パイプラインは従来、特定のバイオタイプに焦点を当て、total-RNA-seqデータセットが…

ヒトとマウスの ロングノンコーディングRNAのアノテーションをつける lncFunTK

ロングノンコーディングRNA(lncRNA)とは、200塩基より長いノンコーディング転写物を指す。現在までに、約58,000のlncRNAが様々な細胞型・組織に集積されているが、そのうち79%が新規性の高いものであり、その生物学的機能は未だ解明されておらず(Iyer et a…