macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

dereplication

minimizer空間でメタゲノムのアセンブリを行う metaMDBG

2023/08/03 全面的に修正 2024/01/03 論文引用、タイトル修正 高精度ロングリードのための新しいメタゲノミクスアセンブラを紹介する。metaMDBGとして実装された本アプローチは、minimizer空間における高効率なde Bruijnグラフアセンブリと、ゲノムカバレッ…

複数のゲノムまたはビンからの非冗長化パンゲノムアセンブリを得る SuperPang

2022/303/29 リンク修正、コマンド修正 ゲノムレベルでは、微生物は対立遺伝子と遺伝子組成の両方において高い適応性を持っている。このような遺伝的形質は、異なる環境ニッチに対応して出現し、微生物群集の動態に大きな影響を与える可能性がある。この結果…

(メタ)ゲノムアセンブリをANIでクラスタリングする galah

2024/03/21 v0.4.0インストールとchekm2について追記 (レポジトリより) Galahは、よりスケーラブルなメタゲノムアセンブリゲノム(MAG)デレプリケーション法を目指している。すなわち、微生物ゲノムをANIに基づいてクラスタリングし、各クラスタの中から1…

メタゲノムアセンブリのbin配列を評価する metashot/prok-quality

メタゲノムシークエンスにより、大規模なゲノムの同定とゲノムの特性解析が可能になる。Binningとは、未知の細菌や古細菌の配列断片(メタゲノムコンティグ)の複雑な混合物からゲノムを回収するプロセスである。メタゲノムから回収したゲノムの品質を評価す…

メタゲノムのリードカバレッジ とrelative abundanceの計算ツール coverM

2021 8/5追記、9/6 追記、10/8 contigコマンド修正 2022/05/09 help修正、06/03 コマンド 2023/08/10 追記 2024/04/12 構成を整頓 Githubより CoverMは、メタゲノミクスアプリケーションに特化した、設定可能で使いやすく、高速なDNAリードカバレッジおよび…

ほぼ同一の冗長なゲノムを除く Assembly Dereplicator

Assembly DereplicatorはRyan R. Wickさんが公開、メンテナンスしているゲノムアセンブリのdereplicationを行うスクリプト。十分に近いアセンブリを除いてアセンブリがよりユニークになるようにする。。dereplicator.pyはスタンドアローンのスクリプトで、標…

多機能な配列処理ツール VSEARCH(USEARCHの代替)

2019 8/9 説明の誤り修正 2019 9/15 両鎖クラスタリングのコメント追加 2024/06/17 追記 Rockström et al. (2009) とSteffen et al. (2015) は、生物多様性の損失を人類の短期生存のための主要な脅威として提示した。シークエンシング技術における最近の進歩…

AMOSアセンブラパッケージのMinimusとMinimus2

2021 6/11 minimus2のコマンドを修正 MInumusのpaper(Sommer et al., 2007)より 大規模な全ゲノムシークエンシングプロジェクトの課題に対処するためのアルゴリズムの必要性に応えて、ゲノムアセンブラは非常に大きく複雑になっている。しかし、アセンブラ…

複数メタゲノムアセンブリのアセンブリ精度を比較して、種レベルでユニークな配列セットを得る dRep

2019 5/7 インストール追記、6/16 パラメータ追記、6/16 upしたdocker イメージのエラー修正、6/18 link追加 2021 4/29 インストール追記、5/18 インストール追記 (condaによるpplacerの導入)、5/27 タイトル変更、5/29, 6/30 compareコマンド追記 2022/06/…

複数のビニング手法を柔軟に組みわせてメタゲノムアセンブリから非冗長なビン配列を出力する DAS_Tool

2019 10/26 インストール追記 2021 4/29 変換コマンド追記、5/25、7/2 コマンド追記 2022/10/23 Fasta_to_Scaffolds2Bin.sh追記 2024/05/0 コマンド更新 Genome-resolved metagenomics は、環境ショットガンDNAシーケンシングデータからのゲノムの再構築をタ…

トランスクリプトームから主要なtrasncriptsを選抜する EvidentialGene

2019 6/19 関連論文追記 2020 2/17 依存のインストール手順更新 EvidentialGeneのtr2aacds.plは、de novo アセンブルツールの結果から生物学的に有用な最良のmRNAセットにクラスタリングするパイプライン。論文は準備中で不明な点もあるが、ポスターによると…

配列のクラスタリングツール UCLUST

2019 9/29 help追加 2019 9/30 fastaへの変換コマンド追加 相同な配列をクラスタリングするツール。相同性の下限値を指定してランすると、閾値以上の相同性を持った塩基配列をまとめてくれる。CD-HIT-ESTより高速に動作するとされる。 ダウンロード (linux, …

配列をクラスタリングする CD-HIT

2018 12/12 追記、6/18 インストール追記、7/24 help追加、9/25 タイトル修正、11/28 ユーザーズガイドリンク追記 2024/01/31 追記 似た塩基配列やアミノ酸配列をクラスタリングできるツール。例えば、de novo transcriptome解析でアセンブルを行った後、95%…