macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

all versus all sequence comarison

全ゲノム配列ファイルを迅速に比較する Mashtree

過去10年間で、公開されている細菌ゲノムの数は劇的に増加した。ゲノムはシークエンスされ、一般に共有され、その後、系統的な関連性が分析される。疫学的に関心のある2つのゲノムが関連していることがわかれば、さらなる調査が促されるかもしれない。しかし…

配列比較結果を視覚化する

2020 11/2 誤字修正 先日紹介したneedleallやvsearchによるall versus allの配列比較のテキスト出力をもとに、ヒートマップで視覚化する。ここではggplot2パッケージを使う。 EMBOSS needleallによるall versus allの配列比較 1、配列の準備 all versus all…

All Versus Allの配列比較(sequence comparison)を行うEMBOSSの needleall

2020 10/29 vsearchのコマンド追記 needleall は入力された一連の配列を読み込み、それらをすべて 1 つ以上の配列と比較し、最適なグローバル配列のアラインメントをファイルに書き込む。Needleman-Wunschアライメントアルゴリズムを使用して、全長に沿った2…

マルチプルシーケンスアラインメントを行う Clustal Omega

Clustal Omega は、複数配列のアラインメント(MSA)を作成するためのパッケージである。利用可能な配列数が大幅に増加していることと、大きな配列を迅速かつ正確に作成する必要性に対応するために、約10年前に開発された。過去30年間で最も広く使われてきた…

BLASTとコンパチブルで高速なホモロジー検索ツール Diamond

2019 1/20 help追加 、コマンド追記, 6/9 -コマンド例から-max-target-seqs削除, 7/19 追記 2021 2/13 ツイート追記 2022/04/07 インストール追記、07/22 例追記、help更新 Diamondはindexのつけ方を工夫することでBLASTXの解析速度を加速できるツール。blas…