HPより
単純な生物でさえ膨大な数の遺伝的特徴を持つため、シンテニックプロットでは膨大な数の接続が乱立し、構造を理解することが困難となる。AccuSynは、ゲノムビューとブロックビューの2つのビューでシンテニック関係を可視化することにより、高いレベルの対話性と性能を提供する。ゲノムビューでは、環状プロットを用いてゲノムの全体像を把握し、染色体間で類似した遺伝子ブロックをすべて探索することができる。ブロックビューでは、各ブロックの遺伝子位置のペアを、染色体ごとに別々のスケールを用いて表示する。
また、最適化問題の最適解に近い解を得るためのヒューリスティック手法として知られるシミュレーテッド・アニーリングを応用し、ゲノムビューにおけるリンクの交差を最小限に抑えることでシンテニック関係を発見するプロセスを自動化している。また、AccuSynでは、ユーザーが手動で染色体をドラッグしたり、染色体の上で右クリックしてブロックの位置を反転させることができ、さらなる機能拡張を得るのに役立つ。
HP
AccuSyn Overview
HPにアクセスする。
AccuSyn: An Accurate Web-based Genome Synteny Browser
Get startedをクリックするとウィンドウが表示される。
AccuSynはゲノム座標情報を記述したGenomic Feature Format (GFF)ファイルと、類似遺伝子ブロックをグループ化したCollinearityファイルの2つのファイルを入力として、シンテニーを可視化する。
GFFファイルとMCScanX Collinearityファイルを指定する。デモとしてシロイヌナズナ、ヒトとチンパンジー、小麦なども選択できる（ゲノム１つかゲノム２つ以上）
ここでは"Arabidopsis thaliana (Thale cress) vs. Vitis vinifera (Grape vine)"を見てみる。
左の染色体チェックボックスをクリックすると、シンテニーがある染色体間でシンテニーブロックが表示される。ここではA.thalianaとV.viniferaの全ての染色体にチェックを付けた。
ドラッグすると染色体の順番を変更することもできる。
また、染色体ダイアグラムの上で右クリックするとその染色体の向きが反転する。
左のメニューから外観を変更することができる。色の変更に関する項目が充実している。
画面下にスクロールするとブロックビューも見ることができる。ブロックビューはマウスカーソルがホバーしているシンテニー領域が対象になっており、カーソルを別の領域に移動させると表示が入れ替わる。
メニューのDeclutteringからシンテニープロットの表示量を調整できる。
メニューのAdd trackから別のトラックを追加することもできる（動画参照）。
コメント
circosではありませんがcircosのタグをつけています。
引用
https://github.com/jorgenunezsiri/accusyn
AccuSyn: Using Simulated Annealing to Declutter Genome Visualizations
http://hdl.handle.net/10388/12368
https://core.ac.uk/download/pdf/233059237.pdf
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