macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

protein language model (PLM)

pLMによるタンパク質埋め込みをUMAP/PCAで可視化する ProtSpace

タンパク質言語モデル(pLM)は、機能、構造、進化に関する情報をエンコードするタンパク質ごとの埋め込みを生成するが、これらの表現で捉えられた関係を体系的に探索することは依然として困難である。ProtSpace(https://protspace.app)は、pLM埋め込み空…

構造ガイド付きアノテーションパイプライン EcoFoldDB-annotate

2026/07/11 論文追記 微生物群集は、地球の健康と生態系プロセスに不可欠な役割を果たしている。高スループットメタゲノムシーケンス技術は、これらの群集の構造と機能に関する前例のない洞察を提供してきた。しかし、既存の配列相同性に基づく手法の感度限…