macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

pseudogene

GTF/GFFファイルのツールキット AGAT

2023/02/27 intron addに追記 HPより AGATは、あらゆる種類のGTFやGFFの欠落情報(特徴や属性)をチェック、修正、追加し、完全でソートされた標準的なgff3形式を作成する能力を備えている。長年にわたり、GTF/GFFフォーマットファイルに関連するあらゆるタ…

原核生物ゲノム中の偽遺伝子候補を検出する Pseudofinder

2022/07/09 論文引用 原核生物のゲノムは一般的に遺伝子密度が高く、偽遺伝子(機能していない、あるいは不活性化された遺伝子の残骸)は比較的少ない。しかし、近年の生態系の変化や、共生生物や病原体が経験したような極端な個体数の減少など、特定の状況…

祖先タンパク質コード遺伝子を探す AnABlast

2021 4/13 誤字修正 2015年のペーパーより ゲノム配列中のタンパク質をコードする遺伝子および偽遺伝子を同定するための新しい方法の開発は、ゲノム時代における主要なチャレンジの一つである。実験的アプローチによってもたらされた並外れた支持に加えて、…