macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Genomics, Proteomics & Bioinformatics

高速にウイルスゲノム配列を分類学的に分類する VISTA

公開データベースにおけるウイルスゲノム配列数の急速な増加に伴い、包括的なウイルス研究のためのスケーラブルで普遍的かつ自動化された予備的な分類学的枠組みが必要とされている。ここでは、ウイルス配列に基づく分類法(VISTA:Virus Sequence-based Tax…

リファレンスベースのアセンブリやアノテーション情報のliftoverを行う RGAAT

シーケンシング技術の開発により、さまざまな種のゲノムを取得することが容易になっている。 NCBIゲノムデータベース(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse#!/)では、最大で4963の真核生物、125,679の原核生物、12,952のウイルス、10,916のプラスミ…