macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

codon table

NCBIのRefSeqデータベースで利用可能な全ゲノムのデータに簡単にアクセスできる包括的データベース GBRAP

進化研究においては、生命のあらゆる領域にわたるゲノム情報の広範な調査が必要である。GenBankを通じて多数のゲノムが利用可能であるにもかかわらず、ゲノム情報の効果的な可視化や比較は、そのサイズなど多くの理由から困難である。ゲノムファイルを解析す…

塩基配列データから遺伝暗号(コドンテーブル)を予測する Codetta

遺伝暗号は「frozen accident」(参考)であると提唱されてきたが、過去40年間の代替遺伝暗号の発見により、ある程度進化しうることが明らかになった。ほとんどの例はanecdotallyに発見されたものであるため、コドン置換の進化の軌跡や、なぜあるコドンがよ…