2018-01-01から1ヶ月間の記事一覧
ゲノムガイドのRNAのアセンブル法は、遺伝子アノテーション情報を使わず、RNA-Seqデータから転写物の再構成を行う方法である。 Strawberryは ゲノムガイドのアセンブリと定量の2つのモジュールで構成されており、ゲノムガイドのアセンブルではbamをスプライ…
2020 2/5 condaインストール追記 Scallopは、リファンレンスガイドのトランスクリプトのアセンブルツール。 マルチエキソンの転写物や低発現の転写物を組み立てる際の高い精度を特徴とする。ヒトRNA-seqサンプルでは、ScallopはStringTieおよびTransCombより…
GeneMarkS-T は教師なし学習でトレーニングされたRNAのタンパク質コード領域を予測ツール。原核生物向けのGeneMarkSを真核生物向けに拡張して作られた。データサイズに寄らず一定の検出率を示すため、データが莫大になるメタトランスクリプトーム解析のコー…
2020 2/3 インストール追記、実行例追記 2020 8/13 インストール追記 rnaQUASTはde novo transcriptomeのアセンブルパフォーマンスを比較するツール。リファレンスゲノムやtranscriptsのカタログにアセンブルした配列をアライメントし、様々な統計データをPD…
sabreはバーコードをdemulitiplexするツール。バーコードを除いたあと、バーコードに従って分割する。バーコードがないリードは別ファイルにまとめて出力される。gzip入力もサポートしている。 インストール Github https://github.com/najoshi/sabre git cl…
2019 6/19 関連論文追記 2020 2/17 依存のインストール手順更新 EvidentialGeneのtr2aacds.plは、de novo アセンブルツールの結果から生物学的に有用な最良のmRNAセットにクラスタリングするパイプライン。論文は準備中で不明な点もあるが、ポスターによると…
transfuseは、フィルターを満たすtranscriptsをクラスタリングし、融合したtranscriptsを作るツール。複数のRNA のアセンブルツールで合成されたtranscriptsをマージし、よりハイグレードなtranscriptsを作るために用いられる。現在、論文準備中とされる。 …
2019 2/15 動画リンク追加 2020 4/19 インストール追記, help更新 2020 4/29 論文アブスト追記 RNA-seqリードからトランスクリプト の豊富さを定量化する軽量な手法であるSalmonを紹介する。Salmonは、新しい二相並列推論アルゴリズムと特徴量の多いバイアス…
#2018 9/20 brew によるインストールとprimer3のコマンド追加、10/22 わかりにくい部分を修正 2020 3/9 インストール手順修正、3/18 誤字修正 2021 4/18 インストール手順修正 Primer3_maskerは、ゲノムに対してk-mer頻度のデータベースを構築し、プライマー…
2020 2/5 condaインストール追記 2020 6/16 コマンドが大きく変更したため更新（v２.１） 2020 12/9 unmapを出力するようにコマンドを修正, 再びhelp更新（v４.２） 次世代シーケンシング（NGS）技術を生物群集から直接抽出したRNAに適用すると、コーディン…
古いDNAが断片化したサンプルからのシーケンスが増えている。しばしば数万年前のサンプルからも抽出される古代のサンプルのDNAは断片化が起きており、うまくDNAを抽出してもサイズが100-bpを超えることは滅多にない。短いDNAをペアードエンドでシーケンスす…
RNA-Seqは特定のバイアス、アーティファクトを受けやすく、 堅牢で包括的なクオリティチェックが重要になる。とくにサンプル調製、ライブラリー作成、またはシークエンシングのエラーは、 予期せぬアーティファクト、バイアスを引き起こす。適切に処理できる…
k-merを用いたde Bruijnグラフ構造は今日普及しているゲノムアセンブルの中核であり、多くの方法論で使われている。k-merはCeleraのようなOLCのアセンブルツールでも重複のシードを用いるのに使われている。また、いくつかのエラー訂正ツールは、k-merの頻度…
化石のようなサンプル（リンク）や昔の人の骨、歯から断片化したDNAを抽出してシーケンスシーケンスすることが増えており、それに伴ってアダプターに5'と3'両側が汚染されたシーケンスデータが増えてきている。AdapterRemoval は柔軟なパラメータセットを持…
2021/10/21, 24 インストール追記 FLEXBARはMultiplexで読んだシーケンスのdemultiplexやアダプタートリミングに使われるツール。柔軟な条件でランできる。よく使われているらしく、現在Flexbar3まで発表されている。解析時間は短く、100Mのリードなら数秒〜…
2019 1/16 誤字修正および対応ツール情報更新、12/29 ツイート追加 2020 1/17 condaインストール追記、4/19 説明追記、5/25 ツイート追記 2023/12/20ツイート追記 今まで様々なNGSの評価ツールが発表されてきたが、それらは特定のデータを評価するものであり…
アセンブルのパフォーマンスを表す指標として N50やコンティグの数などがよく用いられているが、アセンブルの精度はこの値には反映されていない。FRC_alignは、Feature response courve: FRC（FRCを使ったアセンブル評価）を計算出力することで、異なるツー…
2019 9/8 インストール追記 公式サイト http://qualimap.bioinfo.cipf.es ユーザーマニュアル http://qualimap.bioinfo.cipf.es/doc_html/index.html ワークフロー http://qualimap.bioinfo.cipf.es/doc_html/workflow.html CUI環境でのラン。 http://qualim…
DDBJ、EMBL-EBI、NCBIのSRAの 検索エンジンは情報が多く、簡単にシーケンスデータを取ってくるにはやや使いにくい。ExplorerはSRAの検索ツール。Phil Ewels さんが作成されたwebツールで、SRAのAPIを使い、高速にSRAのデータを検索する。シンプルなインター…
随時更新 2020 2/4 help更新 RNAの発現は分子によって大きな差があるため、どのようなデータセットでも万能なRNAのアセンブルツールというのは存在しない。そのため単一のアセンブルツールでアセンブルするより、複数のアセンブルツールでかつ複数のk-merサ…
2018、8/9 誤字脱字修正 2021 12/24 タイトル変更 RNAシーケンシング（RNA-Seq）技術は、トランスクリプトームの大規模分析を可能にすることによって、ゲノムの配列がまだ決定されていない種の研究に革命をもたらしている。このようなトランスクリプトームを…
非モデル生物のDe novo RNA seq解析は断片化したRNAしかできないので、DEG解析が困難となる。BRANCHはそういった不完全なRNAに対して使う方法論で、近縁種のゲノム、またはcontigの情報をRNAのガイドとして利用し、アセンブルの精度を高める方法論。ゲノムの…
インストール 依存 Cython Github https://github.com/mills-lab/svelter git clone https://github.com/mills-lab/svelter.git cd svelter python setup.py install --user export PATH=$PATH:$HOME/.local/bin $ svelter.py SVelter-0.1 Contact: xuefzhao…
種によって利用できるリファンレスの数は大きく異なる。例えばアウトブレイクした菌種を同定するために、１つのfastqデータをたくさんのリファンレスにアライメントするような作業を行う場合、リファレンスが数百ー数万も利用できると、アライメント作業が計…
RNA seqデータをde novoでアセンブルすると、一般に同じ遺伝子のアイソフォームが区別され、それぞれを別々にアセンブルするため、似た複数のコンティグが生じてしまう（ SNPまたはindelだけが異なるコンティグを繰り返し報告する）。付け加えて、こうしてで…
fastqの圧縮の方法論にはいくつか種類があるが、その内の１つリファレンスベースの圧縮ツールは、シーケンスデータをそのまま圧縮するのではなく、リファンレスとの位置合わせ結果を記録する方法論である。そのために、リファレンスにリードをアライメントし…
高い圧縮率を示すfastqの圧縮ツール。圧縮率が高いだけあって時間はかかるが、1/10ほどのサイズの圧縮ファイルを作ることができる（ロスレス）。 インストール cent OSに導入した。 環境 Unix system with at least 4gb of RAM (preferably 8) Ruby 本体 Git…
RapMapはRNAのアライナー。非常に高速で、ほかのツールと比較すると、Bowtie2より数十倍高速で、高速なSTARと比べても２倍以上高速にアライメントできる（Figure2参照）。アライメントが 具体的には7500万のリードをヒトトランスクリプトームに10分程度でア…
Cintenyは類似の生物間のゲノム配列を比較し、Synteny block（wiki）で描画するツール。人やマウスなどのデータについてはビルド済みのwebサーバーが提供されており、すぐにゲノム比較を行うことができる。 webサーバー http://cinteny.cchmc.org 使い方につ…
SMASHは２つの相同なゲノム（染色体）を比較し、組み替えを見つけて結果をビジュアル出力できるツール。解析にはNGSのデータなどは必要としない。純粋にchromosomeの配列だけを使って相同性のある部位や組み替え部位が検出される。霊長類のような大きなゲノ…
