RNA seq
RNA-seqリードのシミュレーションは、バイオインフォマティクスツールの評価、比較、ベンチマーク、開発において極めて重要である。しかし、RNA-seqシミュレータの分野は過去10年間ほとんど進歩していない。このニーズに応えるため、本著者らは柔軟で高度に…
Gene Expression Omnibus (GEO)は、トランスクリプトミクスやその他のオミックスデータセットのための主要なオープンな生物医学研究リポジトリである。現在、世界中の多くの生物医学研究ラボによって収集された数万件の研究から得られた数百万件の遺伝子発現…
ロングリードRNAシーケンス技術の進歩は、トランスクリプトーム解析に明るい未来をもたらした。ロングリードをその起源遺伝子ファミリーにしたがってクラスタリングすることは非常に重要である。しかし、既存のde novoクラスタリングアルゴリズムは、膨大な…
2023/08/18更新、タイトル変更 イントロンを除去するためにメッセンジャーRNAをスプライシングするプロセスは、遺伝子や遺伝子バリアントを作り出す上で中心的な役割を果たしている。ここでは、深層残差畳み込みニューラルネットワークに基づく、DNA中のスプ…
オックスフォード・ナノポア・テクノロジーズ（ONT）のシーケンスプラットフォームは、シーケンス中にリアルタイム解析を実行する優れた機会を提供する。この機能により、実験データに対する早期の洞察が可能になり、さらなる解析のための潜在的な意思決定プ…
2024/02/12 誤字修正、11/03 コマンド修正 Pacific Biosciences (PacBio)やOxford Nanopore Technologies (ONT)などのロングリードシーケンサーは、そのリード長や精度を向上させ、これまでにない研究を開拓している。ロングリードを解析するためのツールや…
2023/07/10 インストール手順修正 RNA-seqは現在、ハイスループットシークエンシング技術を使用して転写活性をプロファイリングするための最も一般的な方法である。転写産物長の単位あたりのシークエンシングタグカウントは、転写産物の相対存在量を測定する…
2023 5/30 タイトル修正 RNAシーケンスは、様々なRNAサブポピュレーションの発現に関する知識を得るために最も使用されるハイスループットなアプローチの1つとなっている。しかし、ライブラリー調製時やデータ解析時に発生する技術的なアーチファクトが、検…
真菌類は、多様な生態的ニッチを持つ真核生物の大規模かつ異質なグループを形成している。真菌の重要性は、真菌のライフスタイルや環境への適応性についての理解が限られていることと対照的である。この10年間で、ハイスループット配列決定技術により、膨大…
一般に公開されている膨大な数のRNA-sequencing (RNA-seq) ライブラリは、組織における既知または新規の転写産物の発現を定量化するための機能情報の宝庫である。しかし、転写産物の定量は、多くの計算資源と処理時間を必要とするアライメント手法に依存する…
次世代シーケンサーによる実験では、データの探索的解析、トレンドの解釈、ターゲット/候補の特定、結果のわかりやすい直感的な可視化などが大きな課題となってる。これらの課題は、利用可能な解析ツールの大半がプログラミングスキルを必要とするため、コン…
2023/02/24 誤字修正 2023/09/06 追記 nf-core/rnaseqはnextflow DSL2を使って構築されているRNAシーケンスデータを解析するためのパイプライン。2023年2月現在、nf-coreのベストプラクティスに従ったパイプラインは76個公開されている。このnf-coreの中で最…
クロマチンの発現、タンパク質-DNA/RNA相互作用、アクセス性、構造などが条件や細胞種によってどのように異なるかを同時に可視化することにより、オルタナティブスプライシングの制御機構や機能的影響について理解を深めることができる。しかし、既存のSashi…
2022/06/10 追加 Gene Expression Omnibus (GEO) は、一般に公開されているハイスループットな遺伝子発現データのかなりの割合をホストしているデータベースリポジトリである。遺伝子発現解析は、サンプルグループ間の生物学的および表現型の違いの根底にあ…
2022/05/30 タイトル修正 2024/03/06 追記 機能エンリッチメント解析は、生命科学におけるハイスループットなオミックスデータを解釈するために極めて重要である。この種のツールは、できるだけ多くの生物について最新のアノテーションデータベースを使用す…
2022/05/09 誤字修正、インストール手順修正(ggplot) 2022/06/09 heatmapのコマンド修正. 10/24 インストール手順修正(Rのバージョン４指定） 2023/06/18 追記 2024/02/27 docker image例追記 比較ハイスループットシーケンスアッセイでは、RNA-seqにおける…
シーケンシングデータをプログラムで要約し、視覚的に検査する機能はゲノム解析に不可欠だが、現在利用可能な方法は、大量のサンプルに対応できるものではない。特に、数千のRNA-seqサンプル間の転写背景を視覚的に比較することは、利用可能な計算機資源によ…
2022/03/25 タイトル修正 Githubより mudskipper は、ゲノムの BAM/SAM ファイルをトランスクリプトームの BAM/RAD ファイルに変換するツールです。具体的には、各アラインメントエントリーのゲノム座標を、GTF形式の与えられた転写産物アノテーションに基づ…
2022/03/11追記 2023/03/05 追記 トランスクリプトームやトランスラトーム技術の進歩により、RNAの活性プロファイルやRNAによる制御機構を深く研究することが可能になった。リボソームRNA（rRNA）配列は細胞内RNAの中で非常に豊富に存在するが、ターゲット配…
2022/02/21 画像追記 リファレンスゲノムを持たない非モデル生物のRNA-seqデータ解析では、計算時間とコストが依然として大きなボトルネックとなっている。この課題を解決するために、著者らは、トランスクリプトームde novoアセンブリを行わずにRNA-seqリー…
オミックスプロファイリングは、生物の行動や環境中の反応を捉えるなど、大規模な生物学的データセットを得るための、ますます顕著なアプローチのcollectionである。このような大規模なデータセットを、プログラミングの経験なしに手作業で解析し、解釈する…
第3世代の1分子RNAシーケンサーは、第2世代のシーケンサーと比較して、ロングリードを生成することによりアイソフォームレベルの転写物の特性解析が容易になるという、これまでにない利点を備えている。特に、Oxford Nanopore Technologyのシーケンシングプ…
RNA-seqは広く普及しているものの、RT-qPCRに代わるデフォルトの遺伝子発現解析手法としては、まだ手間とコストがかかりすぎるのが現状である。本著者らはBRB-seqという新しいアプローチを紹介する。このアプローチは、早期のmultiplexingによって数十サンプ…
新しいMonorail解析パイプラインによって一様に処理された750,000以上の一般に公開されているヒトとマウスのRNAシーケンス（RNA-seq）サンプルからなるリソース、recount3を紹介する。データへのアクセスを容易にするために、recount3およびsnapcountのR/Bio…
ハイスループットRNA-sequencing（RNA-seq）は、その低コストと高いカバレッジにより、ここ10年で最も人気のある遺伝子発現プロファイリング技術になった。その結果、植物界からのRNA-seqライブラリの数は近年飛躍的に増加している。トウモロコシ、イネ、ダ…
2022/01/30 誤字修正 主成分分析（PCA）は、RNAシーケンス（RNA-seq）遺伝子発現アッセイなどの高次元データにおける品質評価や探索的分析に、ゲノミクスアプリケーションで頻繁に使用されている。この目的のために開発された多くのソフトウェアパッケージが…
2022 1/27追記 トータルRNAシーケンス（total-RNA-seq）により、コーディングとノンコーディングの両方のトランスクリプトームを同時に研究することができる。しかし、計算パイプラインは従来、特定のバイオタイプに焦点を当て、total-RNA-seqデータセットが…
Githubより bam-lorenz-coverageはBAMファイルから直接ローレンツプロットやカバレッジプロットを簡単に作成できるフリーソフトです。また、テーブルをテキスト文書として出力することができるので、カスタムプロットを作成することも可能です。また、特定の…
過去10年間で、大量のRNAシーケンス（RNA-seq）データが公開リポジトリに寄託され、さらに前例のない速度で生産されている。しかし、汎用性が高く、RNA-seqデータセットの包括的な解析を合理的に行うことができる、ポイント＆クリックのインターフェースを持…
ボルケーノプロットやその他の分析プロット（相関プロット、アップセットプロット、ヒートマップなど）は、トランスクリプトームやプロテオーム解析において重要なデータ可視化方法として機能する。これらのプロットをカスタマイズして作成することは、発現…
