macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

minimizers

ナノポアリードからの高品質メタゲノムアセンブリを行う nanoMDBG

第3世代のロングリードシーケンス技術は、メタゲノムアセンブリの質を著しく向上させることが示されている。PacBio HiFiで生成された高精度のリードを用いた結果は特に注目すべきもので、手作業なしで数百の環状化された完全なゲノムをメタゲノムアセンブリ…

効果的な配列類似性検出を行うStrobemers

k-merベースの手法は、バイオインフォマティクスにおいて様々なタイプの配列比較に広く用いられている。しかし、1回の変異でk個の連続したk-merが変異するため、配列比較のためのほとんどのk-merベースのアプリケーションは、変動する変異率に敏感に反応して…