International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
2016
ANI
API
BLAST
reciprocal best hit
細菌・古細菌における種の分類は、主にゲノム全体の関連性に基づいて行われており、現代の微生物学の枠組みとなっている。現在、2つの系統間の類似度は、実験的に決定されたDNA-DNAハイブリダイゼーション（DDH）による類似度から、ゲノム配列に基づく類似度…
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
1997
bacteria
archaea
2020
taxonomic assignment
taxonomy ID
Nomenclature
type strain
2020 9/3、9/6 誤字修正 1997年の論文 このリストには、International Journal of Systematic Bacteriologyに掲載された細菌の正式名称がアルファベット順に年代順に掲載されている。5,569種（1996年12月31日現在）を網羅しており、インターネット上で入手可…
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
2017
contamination
rRNA
web tool
生物種の推定 (taxonomic profiling)
bacteria
近年、次世代シークエンシング（NGS）と呼ばれる新しいDNAシークエンシング技術の開発により、ゲノムシークエンシングのコストと時間が劇的に減少した。現在、publicデータベースの原核生物ゲノム配列数は約7万に達している（論文執筆時点）。大規模ゲノムデ…
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
2017
amplicon sequence
web tool
生物種の推定 (taxonomic profiling)
系統解析
結果の視覚化 (visualization)
ANI
education
ゲノム比較 (comparative genomics)
bacteria
archaea
rRNA
database
2019 7/5 関連ツール追記について追記 現代のバクテリアと古細菌の分類学の目標の1つは種の客観的定義である。分類を決定するプロセスは、新しいテクノロジーの出現により、時とともに継続的に改善されてきた。 PCRとそれに続く16S rRNA遺伝子のシークエンシ…
