macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

tRNA

高速でスケーラブルなパンゲノミクスツールボックス PIRATE

天然の細菌集団内の遺伝子分布をカタログ化することは、進化の過程や適応の遺伝的基盤を理解するために不可欠である。全ゲノム配列決定技術の進歩により、公開データベースに登録される細菌ゲノムの量は膨大なものとなっている。このような大規模なゲノムデ…

真核生物ゲノムの自動アノテーションを行うMOSGAのメジャーアップデート

利用可能なゲノム情報の数が非常に増えているため、アクセスしやすく、使いやすい解析ツールの必要性が高まっている。真核生物のゲノムアノテーションを容易にするために、本著者らはMOSGAを作成した。この研究では、ゲノムデータに対するいくつかの高度な解…

包括的なマイクロRNAおよびtRFシーケンシング解析パイプライン miRge3.0

マイクロRNAとtRFは、遺伝子の翻訳制御に関与することで知られる低分子ノンコーディングRNAの一種である。次世代シーケンサー(NGS)の進歩により、high-throughput small RNA-seq研究が可能になったが、これには強固なアラインメントパイプラインが必要であ…

rboAnalyzer

NCBI BLAST出力からノンコーディングRNA(ncRNA)の特性評価を向上させるためのウェブサービスを、コマンドラインアプリケーションrboAnalyzerをベースに提供する。簡単に説明すると、このアプリケーションはBLAST出力に含まれる選択されたhigh scoring pairs …

バクテリアのゲノムやプラスミドのアノテーションを行う Bakta

2021 5/18 ツイート追加 2021 11/11 論文引用 2022/03/10 help更新 Baktaは、バクテリアのゲノムやプラスミドのローカルなアノテーションを迅速かつ標準化するためのツールである。dbxref-richやsORF-including annotationsを機械的に読めるJSONやバイオイン…

動物ミトコンドリアゲノムのアセンブリとアノテーションのパイプライン MitoZ

ハイスループットシーケンシング(HTS)技術の登場により、系統樹や生物多様性のモニタリング研究において、大規模な核酸シーケンシングが日常的に行われる時代になってきている。例えば、複雑なDNA抽出物(環境DNA(eDNA)など)を利用したメタバーコーディ…

tRNA配列を比較する tRNAviz

比較研究および豊富なシーケンシングに基づく分子アッセイに何千ものゲノムが利用可能な現在、tRNA遺伝子の全相補体がどのように展開され調節されるかについての我々の理解が進んでいる。トランスファーRNA(tRNA)はタンパク質翻訳の中心であり、さまざまな…

tRNAをゲノムやraw fastqから探す tRNAscan-SE 2.0

2019 5/7 タイトル修正 トランスファーRNA(tRNA)は、遺伝暗号のタンパク質への翻訳者として働き全ての生物に存在している。 tRNA scan-SE(ref.1)は、ゲノム中のtRNA遺伝子を同定およびアノテーションするための最も広く使用されているツールである。 800…

tRNAやtmRNAをゲノムから素早く検出する ARAGORN

2019 2/15 Biocondaインストール追加、バッチモード追加 2019 3/10 タイトル修正 2019 5/50 インストール方法追記 ARAGORNは既存のtRNAとのホモロジーや二次構造などを手掛かりにゲノム中からtRNAやtmRNAを探すツール。 webサーバー ARAGORN, tRNA (and tmRN…