Overlap-layout-consensus (OLC)
メタゲノムのアセンブリでは、アセンブリの連続性を高めるために、最初のメタゲノムアセンブリ配列を重複付きで分割して、OLCアセンブラの入力として使用することがある（例えばOPERA-MSやminimus2）。この重複ありのcontigの分割には、pyfastaのsplitコマン…
2021 1/22 誤字修正 オーバーラップグラフ法に基づいたde novoゲノムアセンブリの手法は非常に少ない。いわゆるde Bruijnグラフアプローチよりも正確な結果が得られると考えられているが、より多くの時間とより多くのメモリを必要とする。オーバーラップグラ…
次世代シーケンシング技術は、低コストでハイスループットのリードを生産することでゲノミクスに革命をもたらし、この進歩に伴いde novoアセンブラの開発が促された。de Bruijnグラフに基づく複数のアセンブラ法は、Illuminaリードに対して効率的であること…
メタゲノムアセンブリの精度は、通常、シークエンシングおよびアセンブリの際に、同じゲノム領域からの発散性のあるリードが異なる遺伝子座として認識されるため、高レベルの多型によって損なわれる。ウイルス準種（viral quasispecies）とは、単一のキャリ…
初期のヒトゲノムプロジェクトと安価なDNAシークエンシング技術の技術の開発は、学術研究とゲノム情報を使用して人間の健康を改善する産業の両方を進歩させた。それは、遺伝子型と表現型の関連と多くの重要かつ臨床関連のアプリケーションのための貴重な情報…
リード長の増加により、第3世代のシークエンシングでゲノムアセンブリのギャップを埋め[ref.1, 2]、構造の変化を明らかにし[ef.13]、トランスクリプトームシークエンシングで遺伝子アイソフォームをより正確に定量できるようになった[ef.14]。さらに、ロング…
最近のシークエンシング技術の進歩により、これまで以上に大規模なゲノムデータにアクセスしやすくなり、ゲノム構造およびその種間および種内での多様性の特性評価が可能になった。シーケンシング後のデータの分析は困難な作業である。ハイスループットシー…
2019 version2.4.1のヘルプに更新、論文追記、テストランのコマンドミス修正、リンク追加、コマンド修正、補足、リンク追加、You tube動画追加 2020 ツイート追加、help更新、例追記、コメント追記、ツイート追記 2021 5/8 動画リンク追加、6/16 subassembli…
ゲノムアセンブリは数十年にわたり計算生物学の中心的課題であったが、最近のロングリードシーケンス技術の出現で、完全なアセンブリを自動入手するという目標を達成している。しかし、リピートを確実に解決するために、エラーが頻繁に発生するリードに存在…
De Brujinのgraphを使うde novo assemblyの手法は、OLCのgraphを使った手法が苦手とするエラーが多い領域のアセンブルに強く、大量のリードの処理効率も優れている。しかしながら、リードをk-merサイズに分解するため、k-mer以上の繰り返し配列がある領域の…
2021 3/9 追記 SMARTdenovoは、PacBioおよびOxford Nanopore（ONT）データ用の新しいアセンブラ。 エラー訂正なしでリードをアライメントしてアセンブリを生成する。 SMARTdenovoはいくつかの独立したコマンドラインツールで構成されている：rawリードのall …
2019 4/4 ヘルプ追記 2019 6/21 文章修正 2019 7/17 コメント追加 2019 7/26 追記 2019 10/14追記 2019 11/5 コマンドに-t <NUM> 追加の修正 2020 3/30 関連ツール追記 MiniasmはPacbioのロングリードやナノポアのロングリードのアセンブルツールで2015年に論文が</num>…
