マニュアルより サーキュラー・コンセンサス・シーケンス（CCS）解析は、環状化された単一DNA分子（SMRTbell®テンプレート）を複数回「パス」してコンセンサス配列を計算する。CCS解析では、利用可能なパス数を考慮して最適なコンセンサス結果を得るためにAr…

https://www.biostars.org/p/483594/より bbmask.shはSTR（リピート長1-15bp）をマスクすることができ、findrepeats.shは様々なタイプの長いリピートや部分的なリピートを見つけて報告またはマスクすることができる。 インストール いくつかのツールはconda…

正確なオルソロジー推定は、比較ゲノム学や系統学にとって不可欠である。しかし、オルソロジーの推定は、古くから分岐している生物の間で顕著な配列の分岐によって困難が伴う。OrthoHMMは、置換行列をパラメータとする隠れマルコフモデルを用いてオルソログ…

2025/110/5 追記 細菌は多くの分野において、数え切れないほどの理由から魅力的な研究対象であり、全ゲノムシーケンス（WGS）は微生物学的理解を深めるための最も重要な方法論となっている。一方、費用対効果の高いシーケンシングプラットフォームへのアクセ…

ゲノム解析において正確なゲノムサイズの推定は重要な要素であるが、既存のツールは主にショートリードデータに最適化されている。本著者らは、リード間のオーバーラップ情報を利用して、リファレンスフリーな方法でゲノムサイズを推定する新しいツールであ…