macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Figure (scientific illustration)

生物学的配列の可視化のためにアップグレードされたイラストレーター IBS 2.0

分子生物学や細胞生物学の分野において、様々な機能要素を持つ生体配列を可視化することは、科学的成果を発表する上で基本的なことである。しかし、現在使用されているアプリケーションの限界により、生物学的な模式図の作成にはまだかなりの課題が残ってい…

科学イラストのオープンソースアイコンライブラリBioicons

レポジトリより Bioiconsは、InkscapeやAdobe Illustratorなどのベクターグラフィックソフトウェアを使った科学的なイラストのためのオープンソースアイコンライブラリで、無料で利用できます。 ベクターグラフィックソフトウェアでは、アイコンをダブルクリ…

インタラクティブな出版品質の合成 Figure作成webツール canvasDesigner2

Scalable Vector Graphics (SVG) は、拡張可能なマークアップ言語 (XML) ベースのベクトル画像フォーマットであり、png, gif, jpg のような他の一般的な画像フォーマットのようにぼやけたピクセル化をすることなく、任意の解像度に拡張可能である。この形式…

ボックスプロットを描画するwebツール BoxPlotR

2021 2/26 追記 生物医学研究では、異なる分布を持つ複数のデータセットを比較する必要があることが多い。棒グラフ、またはヒストグラムは、通常、単純な統計的尺度、通常は s.d.やs.e.m.による平均値に基づいてデータセットを比較するために使用される。ボ…

ペアでないデータの定量的な比較を行うwebサービス PlotsOfDifferences

異なる条件で得られたデータを定量的に比較することは、実験科学の重要な側面である。定量的比較のために最も広く使われている統計量はp値である。しかし、p値にはいくつかの欠点がある。定量的比較に関連する最も顕著な欠点は、p値が違いの大きさを伝えられ…

publication readyなggplot2 プロット出力を行う ggpubr

2020 8/9 誤字修正 2020 10/5 説明追加 2021 8/9 追記 ggplot2' パッケージは R でのエレガントなデータ可視化のための優れた柔軟性を持っているが、デフォルトで生成されるプロットは、出版前にいくつかのformatingを必要とする。さらに、'ggplot'をカスタ…

scientific dataのインタラクティブな視覚化ツール BPG interactive visualization of scientific data

生物学的実験はますます大きく、多面的なデータセットを生み出している。そのようなデータを探索して観察結果を伝達することはますます困難になっており、堅牢な科学的データ視覚化の必要性は加速している[ref.1、2、3、4]。特にWebベースのインタフェースや…

gene featureを視覚化するwebサービス GSDS 2.0

遺伝子のエクソンやイントロンの組成や位置などの遺伝子の特徴を視覚化することにより、生物学者がアノテーションを統合し視覚的なプレゼンテーションを提供できるようになり、publication用の高品質な図の作成も支援される。したがって、FancyGene(Rambald…

biological sequences専用のイラストレーター IBS

簡潔で、繊細で正確な画像は、説明だけよりも大きな利点がある。さまざまな機能要素を備えた生物学的シーケンスのグラフィカルな表現は、分子生物学的機能の調査の過程で得られた科学的発見の効率的な導入と解釈のための基本である。現在、生物学者は主にMic…

データを可視化するwebツール PlotsOfData

2019 4/11 twitterリンク追記 2020 3/2 関連リンク追加 近年、いくつかのグループが、データの要約ではなく実際のデータをグラフで表示することを提唱している[ref.1-4]。生データは、ヒストグラムやドットプロットなど、さまざまな方法で視覚化できる。デー…

共通 / 非共通の遺伝子リストなどをベン図やヒートマップで視覚化する intervene

次世代のシークエンシングベースのハイスループットアッセイによって生成されたトランスクリプトームデータ、ゲノムデータ、およびエピゲノムデータの効果的な可視化は、大きな関心の対象となっている。そのようなアッセイによって生成されたデータセットの…

webで動作する高速で軽量な分子系統樹可視化ツール IcyTree

系統樹の可視化は、計算系統学(computational phylogenetics)の極めて重要な側面である。確かに、よく知られているテキスト「Inferring Phylogenies」(Felsenstein、2003)(amazon) は、このトピックに全章を割いている。従って、系統樹可視化ソフトウェ…

インタラクティブなヒートマップを簡単に作成できるwebツール shinyheatmap

ヒートマップソフトウェアは、一般に、静的ヒートマップソフトウェア (static heatmap software) [論文より ref.1-9]とインタラクティブヒートマップソフトウェア (interactive heatmap software) [ref.10-20]の2つのカテゴリに分類することができる。静的ヒ…

データに適した視覚化フォーマットにナビゲートし、その描画コードを教えてくれる From Data to Viz

2020 3/3 タイトル修正 From Data to Vizは、決定木(wiki)を使ってデータの可視化に適したフォーマットを教えてくれるwebサイト。 From data to Viz | Find the graphic you need 下記の決定木を使い、自分の所有しているデータタイプに適したフォーマット…