macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Long Terminal Repeat retrotransposons (LTR-RTs)

植物ゲノムのLTRレトロトランスポゾンのアノテーションを行うパイプライン DANTEとDANTE_LTR

ロングターミナルリピート(LTR)レトロトランスポゾンは、ほとんどの植物種のゲノムにおいて、反復DNAエレメントの主要なクラスである。配列決定された植物ゲノムの数は加速度的に増加しており、植物ゲノムアセンブリ中のLTRレトロトランスポゾンの効率的な…

LAIスコアによる連続性の高い植物・藻類ゲノムアセンブリの品質比較を行うサイト PlantLAI

近年のゲノム解読の進歩により、解読されたゲノム数は増加している。しかし、反復配列の存在は植物ゲノムのアセンブリを複雑にしている。LTRアセンブリインデックス(LAI)は、LAIが高いほどアセンブリの質が高いことを意味することから、近年、ゲノムアセン…

クロロプラストゲノムの詳細な構造を可視化する CPGView

クロロプラストゲノムは、植物の系統や進化を研究する上で広く利用されている。クロロプラストゲノムの可視化ツールは、ゲノム上の遺伝子の分布を表示するためにいくつか開発されている。しかし、これらのツールは、エクソン、イントロン、繰り返し要素、可…

真核生物ゲノムに存在するLTRレトロトランスポゾンをde novoで発見してアノテーションを付ける LTRpred

LTRレトロトランスポゾンは、2つの類似したロングターミナルリピート(LTR)を含む可動性遺伝因子の一種である。現在、LTRレトロトランスポゾンは、主に従来の相同性検索の手法で真核生物のゲノムにアノテーションされている。そのため、既知の因子のアノテ…

シークエンシングエラーの多いロングリードからLong Tandem Repeatsを探す mTR

1000 ntを超える長いタンデムリピート拡張は疾患との関連性が示唆されているが、シークエンシンリード長が短すぎるため、ほとんどの場合、個々のヒトゲノムでは未解明のままである。しかし、新しいロングリードシークエンシング技術は、このようなリピート拡…

ゲノムアセンブリからLTR-RTを同定する LTR_retriever

2020 11/6 追記 2023/01/010. 01/11 インストール手順修正 Long terminal repeat retrotransposons (LTR-RT)は植物ゲノムに多く存在する。LTR-RTの同定は、高品質な遺伝子アノテーションを実現するために重要である。しかし、これらのプログラムは特異性が低…

リピートをマスクする RepeatMasker

2021 3/26 コマンド追加 2022/12更新 2023/01/08, 01/9 追記 RepeatMasker は、DNA 配列をスクリーニングして、散在したリピート配列や、複雑性の低い DNA 配列を検出するプログラムである。プログラムの出力は、クエリ配列に存在するリピートの詳細なアノテ…

De novoでTEを探索する RepeatModeler2

2020 7/5 ProcessRepeatsのhelp追加 2020 7/6 step3修正 2020 7/7 ProcessRepeatsのコマンドの間違いを修正 2022/04/18 追記 2023/07/24 追記 Tree of life全体のゲノム配列決定のペースが加速しているため、 transposable elements(TE)のようなゲノム構成…

タンデムリピートなどのミスアセンブリを分析する TandemQUAST

タンデムリピートは、不均等なクロスオーバーによってしばしば生成される複数の連続するほぼ同一のシーケンスによって形成される(Smith、1976)。初期のDNAシーケンスプロジェクトで、タンデムリピートが真核生物のゲノムに豊富にあることが明らかになった…

Long terminal repeats retrotransposonsをゲノム配列からde novoで発見する LtrDetector

以前は「ジャンクDNA」と考えられていたゲノムの遺伝子間領域の配列は、生物学者の間でますます注目を集めている。これらの領域の特に顕著な特徴は、一種のリピート配列である転移因子(TE)の普及率である。 TEには、RNAを使用して複製して自分自身を「コピ…