macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

protein search

UniProtのデータベースから機能的アノテーションとID mappingを行う UPIMAPI

2022/07/12 修正 オミックスやメタオミックス技術は、微生物の機能を探索するための強力なアプローチだが、オミックスデータセットの大きさと複雑さにより、その解析はしばしば困難な課題となる。オミックスやメタオミックス解析のために開発されたソフトウ…

MPI Bioinformatics ToolkitのPSI-BLASTサービス

MPI Bioinformatics Toolkit(https://toolkit.tuebingen.mpg.de)(紹介)は、多種多様なパブリックのバイオインフォマティクスツールへのアクセスを無料で提供するインタラクティブなウェブサービスです。30以上の外部ツールと内性ツールを提供しており(2…

アミノ酸配列からググってタンパク質の機能を調べる ProteInfer

アミノ酸配列からタンパク質の機能を予測することは、バイオインフォマティクスの長年の課題である。従来の手法では、配列アライメントを用いて、クエリ配列を何千ものタンパク質ファミリーのモデルや個々のタンパク質配列の大規模データベースと比較する。…

遺伝子同定と検索を自動化するための広範に適用可能なツール orthofisher

ゲノムデータから目的の遺伝子を同定し、検索することは、多くのバイオインフォマティクスアプリケーションにとって不可欠なステップである。本発表では、プロテオームデータから、クエリプロファイルの隠れマルコフモデル配列アライメントと高い配列類似性…

DASHデータベース

HPより DASH(Database of Aligned Structural Homologs)は、PDBに登録されている既知の構造的に相同なタンパク質のドメインと鎖の構造アライメントを集めたデータベースである。 その処理方法は、(a) CD-HITを用いてPDBから配列固有のタンパク質を99%の配列…

マイクロバイオーム解析リソース MGnify

マイクロバイオームの研究には、通常、特定の環境(biomeとして知られている)からの微生物の集合的な遺伝物質の研究が含まれる。この多様で拡大している研究分野(バイオーム、方法、科学的質問の幅の観点から)は、世界の海洋の深海水と堆積物(1〜3)から…

異なるphylogenetic cladesで保存されているタンパク質を検索するwebサービス PhyloGene

同じパスウェイ、タンパク質複合体、または同じ環境条件で機能するタンパク質は、系統発生クレード全体で類似した配列保存パターンを示すことがある。特定のタンパク質複合体またはパスウェイをもはや必要としない種では、これらのタンパク質は、グループと…

(プロテイン)レシプロカルベストヒットを抽出する getRBH.pl

タンパク質配列の迅速な比較のためのソフトウェアの著者は、そのソフトウェアの速度を評価し、その結果をそのタスクのための最も一般的なソフトウェアと比較しているが、より特殊な用途、例えば、Reciprocal Best Hit(RBH)としてのオルソログの発見のよう…

高感度な類似タンパク質配列検索ツール HH-suite3(hhblitsについて)

2020 7/13 タイトル変更 2020 7/14 追記 ゲノミクスやメタゲノミクスプロジェクトのかなりの割合のタンパク質では同定可能なアノテーションされた相同なタンパク質がなく、アノテーションされていないタンパク質がかなりの割合を占めている[ref. 1]。配列類…

Genome properties (GP)

現代のDNAシーケンシング技術は、単離した生物のみならず、生物のコレクション(メタゲノミクス)のDNA配列を決定する能力に革命をもたらした。一握りの特徴づけられた配列から新規ゲノムにコードされた遺伝子への自動アノテーションは、特に原核生物ゲノムで…

UniprotのID変換webサービスを使い、UniProt accessionsからタンパク質のアノテーションを得る (ID mapping)

2020 2/4 追記 UniProtのRetrieve/ID mappingサービスを使用すると、UniProt accessions IDからGenbankの配列、PDBのID、Entrez Gene ID、GI nnumber、タンパク質のアノテーションなどに変換できる。 Converting UniProt identifiers to external identifers…

MPI Bioinformatics ToolkitのHHpredとMODELLER webサービス

MPI Bioinformatics Toolkit(https://toolkit.tuebingen.mpg.de)は、タンパク質バイオインフォマティクス分析のための無料のワンストップWebサービスである。現在、相互接続された34の外部ツールと内性ツールを提供しており、その機能には、配列類似性検索…

HMMER web server

シーケンスの類似性を検出するためのプロファイル隠れマルコフモデル(HMM)の使用は広く普及している。それらの人気は、いくつかの関連およびアラインされた配列を使用してプロファイルHMMを構築できるという事実に由来し、それを使用して大きなシーケンス…

GTDBのオンライン系統樹 AnnoTree

2019 11/6 タイトル修正、説明追加 重要な生物学的および進化的洞察は、種の系統発生にわたる遺伝子および機能的アノテーションの有無を調査することにより生成できる。これらには、予期しない taxonomic occurrences の特定(ref.1)、遺伝子の進化的起源の…

興味があるタンパク質情報を文献やデータベースからマイニングする PaperBLAST

ゲノムシーケンスは、タンパク質の機能が決定される速度をはるかに超えて、新規タンパク質の発見を加速している(ref,1)。ゲノムシーケンスを解釈し、これらの予測されたタンパク質の役割のアノテーションを付けるには、新規タンパク質と特徴付けられたタン…

UniProtKBデータベースを3つのレベルでクラスタリングした Uniclust データベース

UniProt(ref.1)やGenBank(ref.2)などの公共データベースのタンパク質配列の数は、さまざまな大規模ゲノミクスプロジェクト(ref.3〜5)のために急速に増加している。急速な成長により、多くのアプリケーションが代表的なサブセットで動作するようになっ…

Uniprotデータベースに対する高速なタンパク質ホモロジーサーチを行う SANSparallel

近年、シーケンスの数が著しく増加している。これにより、データベース検索(ref.1〜4)がますます長くなり、無料のコンピューティングサービスと事前に計算されたデータベースが閉鎖に追い込まれたりまたは依存するようにクラウドソーシング(ref.5〜7)に…

Functional annotationを行うwebサーバー PANNZER2

2021 10/7 論文引用 正確なfunctional annotationを持つタンパク質は、生物学的研究に不可欠である。残念ながら、タンパク質配列の大部分は機能的に特徴付けられていない。つまり、実験的に検証されたアノテーションはない。ハイスループットシーケンスの進…

Functional annotationを行うwebサーバー GO FEAT

2019 8/17 タイトル修正 、tips追記 ゲノムデータおよびトランスクリプトームデータに生物学的意味を与えることは、特にハイスループットテクノロジーによって生成される大量のデータと、この目的のために開発されたツール、Webサーバー、およびデータベース…

メタゲノムデータセットをタンパク質レベルでアセンブリし、ホモログサーチを行う GRASP2

メタゲノミクスは、特定の微生物群集のゲノム含有量を研究するための培養に依存しないアプローチである。典型的なメタゲノミクス研究では、環境サンプルから微生物のDNAが抽出され、次世代シークエンシング(NGS)技術を使用してシークエンシングされる。中…

ホモログ及びオルソログタンパク質を検索するwebデータベース orthoFind

相同配列を見つけることは、機能転移によるタンパク質の機能的アノテーションを可能にし、これらの配列が共通の進化起源を有するために推論され、そして進化研究の支持としてしばしば使用される[ref.1−3]。ホモログ内では、オルソログは種分化事象から進…

祖先タンパク質コード遺伝子を探す AnABlast

2021 4/13 誤字修正 2015年のペーパーより ゲノム配列中のタンパク質をコードする遺伝子および偽遺伝子を同定するための新しい方法の開発は、ゲノム時代における主要なチャレンジの一つである。実験的アプローチによってもたらされた並外れた支持に加えて、…

推定antibiotic resistance genes を予測するDeepARG

2019 7/5 dockerタグ修正 2019 9/25 インストール追記 2022/09/09 追記 抗生物質耐性は緊急かつ高まる世界的な公衆衛生の脅威である。抗生物質耐性による死亡者数は、2050年までに年間1000万人を超え、世界中で約100兆米ドルかかると推定されている[ref.1-3]…

OrthoVenn2

注意 2019 6/24 追記 6/25 編集 すでに比較されているデータについては問題ありませんが、手持ちのmulti-fsstaをアップロードして調べる場合、シングルラインのfastaににしておかないとそれぞれのfastaの先頭行のみ使ってしまうようです。以下のperlスクリプ…

メタゲノムのraw fastqからantibiotic resistance genesを再構成する fARGene

2019 5/20 関連ツール追記 2022/06/02 インストール追記 抗生物質耐性菌による感染は世界的に増加しており、公衆衛生に大きな脅威をもたらしている[ref.1]。抗生物質耐性は細菌種の固有の特性である場合があるが、その臨床的意味において、それは既存の染色…

nrなどのNCBIデータベースをダウンロードする ncbi-blast-dbs

2018 12/10 タイトル訂正 2020 9/7追記2020 9/11 わかりにくい説明を修正、9/11 簡単な並列処理例追記、9/12.9/15 taxonkit コマンド修正, わかりにくい部分を修正、10/3 taxonkitのコマンドを修正、10/10 コマンド微修正、10/28 誤字修正 2022 1/6 例のパラ…

Minhashを使い、genomic DNA / proteinを高速比較する sourmash

2019 7/5 インストールエラー修正 、twitter追記 2020 1/5 twitter追記、2/4 twitter追記、2/20 コマンド修正、2/27 help更新, コマンド修正、5/5 twitter追記 2022/04/15 コマンド例を追加 sourmashは、ゲノムデータのMinHash sketchesを作成、比較、操作す…

高速かつ高感度なプロテイン検索ツール MMseqs2

2019 3/18 タイトル修正 2019 5/7 タイトル修正 2019 5/20 インストール追記 2019 8/25 twtwitter追記 2019 12/29, 2021 9/15インストール追記 DNAシーケンシングのスループットは、過去10年間で計算速度よりもはるかに速くなってきており、感度の高いシーケ…

50近いバクテリアの1万以上の機能未知遺伝子欠損の影響をまとめた Fitness Browser

注意: タイトルには 機能未知遺伝子だけ相手にしたように書いてますが、実験はゲノム全体の遺伝子をターゲットにランダムかつ網羅的に行われており、mutant phenotypeの影響を調べた遺伝子数自体は1万よりずっと多くなります。実験結果をまとめたFitness Br…

高速なタンパク質検索ツール SWORD

タンパク質データベースの検索は、バイオインフォマティクスなどのライフサイエンス分野で非常に重要な課題となっている。データベースサイズの指数関数的増加と共に分析される新しいデータの量がますます大きくなってきているため、既存のツールを使用した…