マイクロバイオーム研究は、多様性プロファイリング、機能特性解析、トランスレーショナルアプリケーションなど、多様な目的を持つ生物医学、農業、環境科学において日常的に行われるようになってきた。その結果、複雑で、しばしばマルチオミックスデータセ…

突然変異蓄積（MA）実験（wiki）は、突然変異の影響を直接研究するために最も広く用いられている方法である。MA株から全ゲノムを配列決定することにより、研究者は自然突然変異の発生率と分子スペクトルを直接研究することができ、これらの結果を用いて突然…

次世代シーケンサーデータのin silicoシミュレーションは、ゲノミクス分野で広く用いられている手法である。しかし、DNAまたはRNA分子を時系列電流シグナルデータの形で測定する「第3世代」ナノポアシーケンス装置からのシミュレーションデータを作成するた…

2023/10/06 論文（プレプリント）引用 リボソームDNA（rDNA）アレイは、すべての生命に存在する高度に反復的で均質な領域である。その反復性のため、現在のアセンブリ法では、ヒトや他の多くの真核生物のrDNAアレイを完全にアセンブリすることができず、rDNA…

ゲノムの非コード領域における体細胞変異やエクソン変異は、解析ワークフローにおいて見過ごされがちな未同定の非コード化結果をもたらす可能性がある。ここでは、ゲノムデータから抽出した体細胞変異のコールと、トランスクリプトームデータから抽出したス…

2023/06/20 誤字修正 データの可視化技術は、技術の進歩とともに大きく向上してきた。データをグラフで表現することで、その背景にあるデータ構造をより透明化し、解釈しやすくする。しかし、自由に利用できる一般的な可視化ツールは、記述統計のみをサポー…

ライフオミクスの時代、膨大な量のマルチオミクスデータが生成され、生物医学研究に広く利用されるようになった。プログラミングスキルの低い生物学者がマルチオミクスデータから生物学的知見を得ることは困難である。そのため、複雑なオミクスデータを扱い…

オルソログ遺伝子を正確に推論することは、様々なゲノム研究や進化研究の必須条件である。SonicParanoidはオルソロジー推論に最も適したツールの1つである。しかし、その拡張性と感度は、それぞれ時間のかかるall-versus-allアラインメントと複雑なドメイン…

過去10年間、シーケンス技術の進歩により、ゲノムデータは飛躍的に増加した。これらの新しいデータは、遺伝子やゲノムの進化や機能に関する我々の理解を劇的に変化させてきた。シーケンサー技術の向上にもかかわらず、汚染されたリードを特定することは、多…

ゲノムの解析と比較は、アノテーション、オルソロジー予測、系統推論などのタスクのために、さまざまなツールに依存している。しかし、ほとんどのツールは単一のタスクに特化しており、結果を統合して可視化するためにはさらなる努力が必要である。このギャ…

ロングリードシーケンス技術は、その登場以来大きく進歩した。そのリードの長さは転写産物全体に及ぶ可能性があり、トランスクリプトームを再構築するのに有利である。既存のロングリードトランスクリプトームアセンブリ手法は、主にリファレンスベースであ…

2023/07/01 名前をminiBUSCOからcompleasmに差し替え 2023/09/29 論文引用 ゲノムアセンブリの完全性評価は、ゲノムデータの正確性と信頼性を評価する上で重要である。不完全なアセンブリは、遺伝子予測、アノテーション、その他のダウンストリーム解析にお…

遺伝子およびタンパク質セットのエンリッチメント解析は、オミックス実験から収集されたデータの解析において重要なステップである。Enrichrは、数十万件の注釈付き遺伝子セットを含む、人気のある遺伝子セットエンリッチメント解析ウェブサーバー検索エンジ…

メタゲノミクスは、抗生物質耐性遺伝子（ARG）の拡散を監視するために利用できる。ResFinderやCARDなどのデータベースで発見されたARGは、主に培養可能な病原性細菌に由来するものだが、培養不可能な非病原性細菌由来のARGについては、まだ研究が不十分なま…

遺伝子発現プロファイリングは、生物学的プロセスや疾患の理解に多大な貢献をしてきた。しかし、データ可視化ツールやパスウェイ解析ツールの多くは、膨大なデータフォーマットを必要とするため、特にバイオインフォマティシャンでない人にとっては、処理さ…

ゲノムデータの解釈には、既存のリファレンスデータベースとの関連で結果を評価することが繰り返し課題となっている。コマンドラインやPythonの利用者が増加する中、大規模な公開ゲノムデータベースの多様なコレクションに保存されているキュレーションされ…