gene prediction
メタゲノムに含まれるタンパク質遺伝子を正確に予測することは、よく知られた課題である。特に、短い遺伝子や不完全な遺伝子、翻訳開始部位の位置を特定することは困難である。原核生物の翻訳開始は、5'UTRに存在するShine-Dalgarno（SD）コンセンサス配列で…
原核生物のオープンリディングフレーム（ORF）予測ツールは繊細で、頻度は少ないものの、配列のわずかな違いで遺伝子予測されなことが起きることがある。遺伝子予測精度がゲノム配列によって異なると、比較ゲノム解析で遺伝子の有無を調べる際に問題となる。…
FragGeneScanは現在、短くてエラーが起こりやすいリードの遺伝子予測に最も正確で人気のあるツールであるが、その実行速度は大規模データセットで使用するには不十分である。この問題を解決するはずの並列化も非効率的であった。その代替実装であるFragGeneS…
2020 10/26 誤字修正 このプログラムは、1つ以上のヌクレオチド配列中のオープンリーディングフレーム(ORF)の配列を検索して出力する。ORFは、2つのSTOPコドンの間、またはSTARTコドンとSTOPコドンの間の指定された最小サイズの領域として定義することができ…
全ゲノムシークエンスは、多くの生物の遺伝子コンテンツの調査を可能にし、遺伝子発現、プロテオミクス、エピジェネティクスのさらなる研究の基礎を形成している。新規ゲノムを構築した後、遺伝子のアノテーションを行うことが、生物の遺伝子内容を解析する…
2019 10/22 タイトル修正 ウイルス感染によって引き起こされるヒト感染症の治療のためのウイルスゲノム研究の途方もない価値のために、Webサーバーやデータベースを含む多くのウイルス情報学リソースが開発された（Sharma et al、2015）。 RefSeqデータベー…
