多様なウイルスゲノムのHaplotype-resolvedアセンブリは、ウイルス性疾患の予防、制御、治療において重要である。しかし、現在の手法では、比較的正確なショートリードデータしか扱えないか、ハプロタイプ特有の変異をコンセンサス配列に折り畳んでしまうか…

ウイルスは、遺伝的に関連のある突然変異株のコレクションであるquasispeciesとして宿主に寄生する。Viral quasispeciesのアセンブリは、リードデータから株固有のハプロタイプを再構築することであり、株間の相対的な存在量を予測することは、治療に関連し…

高い突然変異率、自然選択および組換えは、RNAウイルス集団の高い遺伝的多様性につながる可能性がある（Domingo-Calap et al、2016）。これらはclosely relatedだが異なるウイルス株で構成されている。ウイルス集団のこれらのグループは、しばしばquasispeci…

ウイルス集団内の高い遺伝的多様性が、HIV、HCVなどのRNAウイルスによる慢性感染症の患者において観察されている（Sullivan et al、2007； PerrinおよびTelenti、1998）。遺伝的多様性は、異なる株の多重感染、または宿主内でのウイルス複製中の変異によって…

2019 5/20 誤字修正、コメント、ヘルプ追加 HIV、Zika、Ebolaなどのウイルスは、一般的にウイルス準種（viral quasispecies, wiki）と呼ばれる、遺伝的に関連しているが異なる変異株の集団として宿主に存在する。それぞれ独自のハプロタイプ配列によって特徴…

次世代シークエンシング（NGS）技術は、以前はあまりにも労働集約的であると考えられていた実験を日常的な作業に変えた（Metzker、2010）。 NGSの1つの用途は、genetic diversityを定量化するために遺伝的にheterogousなpopulationsのシーケンシングである。…