macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2024-01-01から1ヶ月間の記事一覧

塩基配列アラインメント用ライブラリ BSAlign

塩基配列アライメントの精度を高めることはゲノム研究において必須の課題である。古典的な動的プログラミングアルゴリズム(Smith-WatermanやNeedleman-Wunschなど)は最適な結果を出すことを保証しているが、その時間の複雑さが大規模配列アライメントへの…

De novoで散在性反復配列を検出する REPrise

真核生物ゲノムの大部分を占める反復配列の正確なアノテーションは、様々なゲノム解析に不可欠である。データベースフリーのde novoリピート検出アプローチは、十分にキュレートされたリピートデータベースがないゲノムのアノテーションに威力を発揮する。し…

大規模生体分子構造の3D可視化のためのウェブアプリケーション Mol* Viewer

大規模な生体分子構造は、結晶学や電子顕微鏡などの確立された技術を用いて、日々実験的に決定されている。さらに、新たな統合的手法やハイブリッド手法(I/HM)により、時には数億個の水素原子以外の原子を含む巨大な高分子機械やアセンブリの構造モデルが…

タンパク質配列中の疎水性モジュール性を視覚的に探索するBlobulatorのウェブツール

疎水性残基のクラスターは構造を取っているタンパク質の安定性を促進し、タンパク質の凝集(aggregation)を促進することが知られている。最近の研究で、連続した疎水性残基クラスター("blob "と呼ばれる)を同定することが、内在性無秩序タンパク質(IDP)…

メタゲノム配列の関心がある配列を拡張アセンブリする TriMetAss

HPより TriMetAssはTrinityソフトウェアを拡張したもので、メタゲノムデータ中の興味深い特徴を囲む領域を選択してアセンブルできる。このソフトウエアは、研究対象の微生物群集において複数の文脈で出現する可能性のある、非常に一般的で保存状態の良い遺伝…

LAIスコアによる連続性の高い植物・藻類ゲノムアセンブリの品質比較を行うサイト PlantLAI

近年のゲノム解読の進歩により、解読されたゲノム数は増加している。しかし、反復配列の存在は植物ゲノムのアセンブリを複雑にしている。LTRアセンブリインデックス(LAI)は、LAIが高いほどアセンブリの質が高いことを意味することから、近年、ゲノムアセン…

タンパク質の要約統計を出力するEMBOSSのpepstatsコマンド

EMBOSSのpepstatsは、1つ以上のタンパク質配列からタンパク質の特性に関する様々な統計情報を出力する。 emboss pepstats https://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/pepstats.html インストール conda|mambaやbrewで導入できる。 #biocondamamba…

表現学習に基づくビニング法 COMEBin

コンティグビニングは、メタゲノムデータ解析において、同一または近縁ゲノムからのコンティグをグループ化することで重要な役割を果たしている。しかし、既存のビニング手法は、データの種類が多様であることや、異種情報を効率的に統合することが困難であ…

近傍した遺伝子の大規模解析、比較、可視化を行う AnnoView

2024/05/18 論文引用 遺伝子近傍の解析と比較は、微生物ゲノムの構造、機能、進化を探索するための強力なアプローチである。ゲノムの可視化や比較のためのツールは数多く存在するが、大規模なゲノムデータベースやユーザーが作成したデータセットを横断して…

(ヒト)遺伝子スクリーニングの結果をタンパク質の配列と構造にリンクする Genomics 2 Proteins portal

近年のAIを用いた手法の進歩は、構造生物学の分野に革命をもたらした。それと同時に、ハイスループットシークエンシングと機能的ゲノミクス技術により、バリアントの検出と生成がかつてない規模で可能になった。しかし、バリアントをタンパク質構造に「マッ…

ウルトラロングデータセットに対する高速多重塩基配列アラインメント法 FMAlign2

バイオインフォマティクスにおいて、マルチプル配列アライメント(MSA)は極めて重要なタスクである。しかし、従来の方法では、ウルトラロングシークエンスのアライメントに苦労することが多い。この問題に対処するため、研究者たちは、並列アラインメントの…

ONTのリードからのリファレンスフリーのトランスクリプトーム再構成を行う isONform

ロングリードトランスクリプトームシーケンスの進歩により、転写産物の完全な配列決定が可能になり、転写プロセスを研究する能力が大幅に向上した。ロングリードのトランスクリプトームシーケンス技術としては、Oxford Nanopore Technologies (ONT)が有名で…

セントロメア構造の自動アノテーションツール HiCAT

ロングリードシーケンス技術の著しい向上により、ゲノム中のセントロメアのような複雑なゲノム領域が解明され、セントロメアのアノテーション問題が導入された。現在、セントロメアのアノテーションは半手動的に行われている。HiCATは、階層的タンデムリピー…

タンパク質コードDNAの高感度かつエラー耐性アノテーションを行う BATH

BATHは、タンパク質配列のデータベースまたはプロファイル隠れマルコフモデル(pHMM)へのDNAの直接アラインメントに基づく、タンパク質をコードするDNAの高感度アノテーションツールである。BATHはHMMER3コードベース上に構築されており、わかりやすい入力…

ターゲット2倍体ゲノムアセンブラ JTK

ハプロタイプ間の遺伝的差異を解明するためには、Diploid assembly(二倍体アセンブリ)、すなわち相同染色体の配列を別々に決定することが不可欠である。一つのアプローチは、リファレンス配列上で一塩基変異(SNV)をコールし、phase化することである。し…

分類学的シグナルを組み込むことでメタゲノムリードのアノテーションと分類学的プロファイリングを改善する RAT

メタゲノム解析には、リードベースの分類学的プロファイリング、アセンブル、メタゲノムアセンブリゲノム(MAGs)のビニングが一般的である。ここでは、これらのステップを統合したRead Annotation Tool (RAT)を報告する。RATを使ってMAGやコンティグから得…

天然変性タンパク質を予測する ADOPT

天然変性タンパク質(Intrinsically disordered proteins: IDPs)(wiki)は、広範な生物学的機能に重要であり、多くの疾患に関与している。内在性無秩序を理解することは、IDPを標的とする化合物を開発するための鍵となる。IDPの実験的特性解析は、IDPが非…