macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

mOTU

メタゲノムの分類学的プロファイリングを行う mOTUs3

2022/09/07 誤字修正、オプション追記 分類学的プロファイリングは、生物試料中の微生物の相対的な存在量を検出・定量することを目的としたマイクロバイオーム研究の基本的なタスクである。ショットガンメタゲノムデータを利用する方法は、一般に、配列決定…

コアゲノム推定にメタゲノムアセンブルゲノムを活用するためのロバストなベイズアプローチ mOTUpan

2022/08/20 論文引用 近年のシーケンサーとバイオインフォマティクスの進歩により、メタゲノムアセンブルゲノム(MAG)やシングルセルアセンブルゲノム(SAG)を通じて、環境に関連する未培養クレードのゲノムを提供し、生命の系譜を拡大している。このよう…

複数のゲノムまたはビンからの非冗長化パンゲノムアセンブリを得る SuperPang

2022/303/29 リンク修正、コマンド修正 ゲノムレベルでは、微生物は対立遺伝子と遺伝子組成の両方において高い適応性を持っている。このような遺伝的形質は、異なる環境ニッチに対応して出現し、微生物群集の動態に大きな影響を与える可能性がある。この結果…

複数メタゲノムアセンブリのアセンブリ精度を比較して、種レベルでユニークな配列セットを得る dRep

2019 5/7 インストール追記、6/16 パラメータ追記、6/16 upしたdocker イメージのエラー修正、6/18 link追加 2021 4/29 インストール追記、5/18 インストール追記 (condaによるpplacerの導入)、5/27 タイトル変更、5/29, 6/30 compareコマンド追記 2022/06/…