miRNA-seq は様々な分野で幅広く使用されているが、その品質管理は PhredScore ベースのフィルターに限定されることが多くなっている。microRNAの収量、推定分解産物（rRNA断片など）の割合、アダプターダイマーの割合など、品質に関連する他の重要な側面は…

マイクロRNAとtRFは、遺伝子の翻訳制御に関与することで知られる低分子ノンコーディングRNAの一種である。次世代シーケンサー（NGS）の進歩により、high-throughput small RNA-seq研究が可能になったが、これには強固なアラインメントパイプラインが必要であ…

miRNAは、遺伝子の発現を抑制する短いノンコーディング分子であり、生物にとって重要な役割を果たしている。miRNA関連の研究のために、何十もの計算手法が開発されているが、それらはさまざまな面で大きく異なっている。比較が難しい手法が数多く存在するた…

2021/10/21, 24 インストール追記 FLEXBARはMultiplexで読んだシーケンスのdemultiplexやアダプタートリミングに使われるツール。柔軟な条件でランできる。よく使われているらしく、現在Flexbar3まで発表されている。解析時間は短く、100Mのリードなら数秒〜…