macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

volcano plot

(ヒトとマウス)マルチオミクスデータを探索するウェブサーバ  ExpressVis

ライフオミクスの時代、膨大な量のマルチオミクスデータが生成され、生物医学研究に広く利用されるようになった。プログラミングスキルの低い生物学者がマルチオミクスデータから生物学的知見を得ることは困難である。そのため、複雑なオミクスデータを扱い…

(ヒト)遺伝子発現解析のためデータ可視化とパスウェイエンリッチメント解析を統合したウェブツール STAGEs

遺伝子発現プロファイリングは、生物学的プロセスや疾患の理解に多大な貢献をしてきた。しかし、データ可視化ツールやパスウェイ解析ツールの多くは、膨大なデータフォーマットを必要とするため、特にバイオインフォマティシャンでない人にとっては、処理さ…

コード不要で高度なRNA-seq解析を行う RNAlysis

次世代シーケンサーによる実験では、データの探索的解析、トレンドの解釈、ターゲット/候補の特定、結果のわかりやすい直感的な可視化などが大きな課題となってる。これらの課題は、利用可能な解析ツールの大半がプログラミングスキルを必要とするため、コン…

オミックスデータを簡単に可視化できるWebアプリケーション GraphBio

オミックスデータは大量に生産され、通常、高度な可視化解析が必要とされる。これらの解析にはプログラミングのスキルが必要な場合が多く、実験生物学者にとっては難しい。したがって、より使いやすいツールが早急に求められている。 本発表では、オミックス…

ユーザーフレンドリーなデータ可視化ウェブサーバー ImageGP

データの可視化は,研究者の間で結果を説明し,知識を共有するために重要な役割を果たす.しかし、多くの可視化ツールは十分なコーディング経験を必要としたり、特殊な用途のために設計されていたり、無償でなかったりする。ここでは、生物・化学データの可…

遺伝子発現解析と可視化のためのウェブサーバー GEOexplorer

2022/06/10 追加 Gene Expression Omnibus (GEO) は、一般に公開されているハイスループットな遺伝子発現データのかなりの割合をホストしているデータベースリポジトリである。遺伝子発現解析は、サンプルグループ間の生物学的および表現型の違いの根底にあ…

対話型マイクロアレイデータ解析ツール sMAP

マイクロアレイデータは、生物学者が複数の表現型にわたって差次的に発現した遺伝子(DEG)を抽出することを可能にする。マイクロアレイ解析のためのパイプラインやツールはいくつか存在するが、それらは中級から上級の計算理解者を対象としており、使いやす…

カスタマイズ可能なボルケーノプロットを作成するwebサービス ggVolcanoR

ボルケーノプロットやその他の分析プロット(相関プロット、アップセットプロット、ヒートマップなど)は、トランスクリプトームやプロテオーム解析において重要なデータ可視化方法として機能する。これらのプロットをカスタマイズして作成することは、発現…