2025-01-01から1ヶ月間の記事一覧
あるクレードのほとんどのメンバーに共通するシングルコピーのコア遺伝子の解析は、系統復元やゲノムの質の評価など、生物学における重要な課題にとって重要である。コア遺伝子は従来、プロテオーム間のアミノ酸類似性の解析によって同定されてきたが、構造…
ゲノム検索や分類は、データベース（参照ゲノム）に最もマッチするゲノムを見つけることが一般的であるが、利用可能なデータベースゲノムの数が増加していることや、従来の手法が大規模なデータベースに対してうまくスケールしないという事実により、ますま…
遺伝子構造アノテーションはゲノム配列から生物学的知識を得るための重要なステップであり、現在でもゲノミクスプロジェクトにおいてチャレンジングな課題である。現在のde novo隠れマルコフモデルは、生物学的複雑性をモデル化する能力に限界があり、一方、…
2025/01/25 追記 レポジトリより Doradoは、Oxford Nanoporeリード用の高性能で使いやすいオープンソースのベースコーラーである。 特徴1つの実行ファイルで、適切なデフォルト設定、ハードウェアの自動検出および設定が可能。 Appleシリコン（M1/2ファミリ…
マニュアルより POD5は、ナノポアシーケンスデータを簡単にアクセスできる方法で保存するためのファイルフォーマットである。このフォーマットはApache Arrowを用いて格納され、標準的なツールを用いて多くの言語でデータを利用することができる。POD5には、…
未培養生物種のゲノムスケール代謝モデル（GEM）を正確に再構築することは、メタゲノムアセンブリゲノム（MAG）に典型的に見られる不完全で断片的な遺伝情報のために困難である。既存のツールは単一ゲノムの配列相同性を利用しているが、本研究ではpan-Draft…
正確な多重配列アライメント（MSA）は、包括的な生物学的配列解析に不可欠である。しかしながら、進化関係が複雑であるため、一般的なアラインメントツールでは十分に対応できない変異がしばしば生じる。この問題を解決するためには、リアラインメントが極め…
環境サンプルから生成されたメタゲノム・データは、現代および古代の生物群集の解析においてますます一般的になってきている。この種のデータから分類学的プロフィールを得るためには、DNA配列を大規模なゲノム参照データベースに対してアラインメントし、各…
ゲノムアノテーションにおけるタンパク質コード配列の正確性を評価することは困難な問題であり、広く適用できる解決策がない。この原稿では、タンパク質コード遺伝子アノテーションの品質評価を支援するために開発された新しいソフトウェアツール、PSAURON（…
近年、染色体スケールのゲノムアセンブリが爆発的に増加しており、複数ゲノムのシンテニーを検出することによる比較ゲノム解析の可能性が大きく広がっている。既存のツールは複数のゲノム間のシンテニーブロックを検出することができるが、テキストベースの…
非モデル生物種の研究へのRNAシーケンスの応用が進むにつれ、研究者が生物学的および機能的洞察を迅速に明らかにするための、使いやすく効率的なバイオインフォマティクスツールが求められている。我々は、あらゆる真核生物種のRNAシーケンスデータを処理、…
急速に増加するタンパク質配列データベースの進化情報を検索するには、常に高速化が必要である。これは、配列のフィルタリングやギャップアラインメントを実行する革新的なアルゴリズムによって達成される。ここでは、8GPUで最大100TCUPSを達成するギャップ…
mmlong2はNanoporeまたはPacBio HiFiシーケンスデータから原核生物ゲノムを自動回収・解析するゲノム中心のロングリードメタゲノミクスワークフローである。mmlong2ワークフローはmmlongを継承している。mmlong2はロングリード専用のワークフローであり、Nan…
zenodo_getは、その名の通り、Zetoroのfrozen dataをダウンロードするコマンド。 インストール #conda (link)mamba install conda-forge::zenodo_get -y#pippip3 install zenodo_get#from githubpip3 install git+https://github.com/dvolgyes/zenodo_get > …
2025/06/06 論文引用 テロメア・ツー・テロメア・コンソーシアムは最近、ヒトゲノムの初の完全な配列を完成させた。最も複雑な繰り返しを解決するために、このプロジェクトは、長くて正確なPacBio HiFiとウルトラロングOxford Nanoporeシーケンスリードの半…
fastq_demuxはFASTQヘッダーのバーコードに基づいてillumina fastqをデマルチプレックスするシンプルなプログラム。 インストール condaで環境を作って導入した。 Github mamba create -n fastq_demux python=3 -yconda activate fastq_demux#本体git clone …
Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA12)ソフトウェアの第12版を紹介する。この最新バージョンでは、最適な置換モデルの選択と、最尤法（ML法）を用いた系統のブートストラップ検定に必要な計算時間を短縮することで、多くの重要な改良が加えられ…
環状DNA分子（すなわち、ほとんどの細菌、ウイルス、プラスチドゲノム）に由来する配列は、アラインメントを含むほとんどの下流解析において、線状化され、共通の開始位置に回転されることが期待される。これは一般的で簡単な作業であるにもかかわらず、利用…
