2019-04-01から1ヶ月間の記事一覧
次世代シークエンシングは、生命科学の複数のハイスループットな方法を生み出した。その多くは、既存のゲノムアセンブリへのショートリードのマッピングに基づいている。マッピングされたリードの密度および計算により得られたゲノムシグナルトラックの可視…
2019 12/20 インストール手順修正 2019 12/21, 12/22結果追記 連休中は不定期更新になります。よろしくお願いいたします。 ハイスループットシーケンシング（HTS）技術の進歩およびシーケンシングコストの削減は、全ゲノムシーケンシング（ＷＧＳ）が多くの…
McFlyはデフォルトのctrl-r によるBash履歴検索をインテリジェントなニューラルネットワークを使った検索エンジンで置き換える。エンジンは作業ディレクトリと最近実行されたコマンドのコンテキストを考慮に入れて優先順位を変更する。 インストール homebre…
2019 4/26 mergeエラー修正及び追記 2019 7/2 インストール追記 2019 8/6 リンク追加 2020 4/18 condaインストール追記 2020 8/24 インストール 追記 微生物は、地球上の生命や環境中の地球化学的プロセスに影響を与える、相互作用する種の複雑な共同体に住…
2019 4/25 誤字修正 効果的なバイオインフォマティクス分析のための適切なプラットフォームを設定することは困難な場合がある。標準のソフトウェアパッケージをインストールするために必要な依存関係とバージョン要件を決定することは、分析を始める前の障壁…
Pacific Bioscience（PacBio）が20111年に1分子リアルタイム（SMRT）シーケンス技術を商品化し、第3世代シーケンシング（TGS）が登場した。TGSプラットフォームには大きな技術的違いがある。これは、第2世代シーケンス（SGS）とは異なる。ペアエンド情報を考…
最近、いくつかの研究がin silicoプラスミド予測ツールの有効性を評価している[ref.1、2]。実際、現在、多くのバイオインフォマティクス法が、リードカバレッジ解析（例：PlasmidSPAdes）、k-merベースの分類（例：cBAR、PlasFlow）、レプリコン検出（例：Pl…
2019 12/17 論文追記 RNAシークエンシングはトランスクリプトームを特徴付けるための基本的なアプローチとなっている。正確な遺伝子構造を明らかにし、遺伝子/転写産物の発現を定量できる[ref.1-5]、さらにバリアントコーリング[ref.6]、RNA edit/ng解析[ref…
2019 4/22 誤字修正 2019 5/6 リンク追記 2019 6/23 ランのstep1,2 の説明修正 2019 9/25 step1のフラグの誤り修正 微生物は、人間を含む地球上のほとんどすべての生物に繋がることが知られており、そこでは微生物は健康、病気および農業に多大な影響を与え…
2019 4/21 タイトル追加 2019 4/21 オーサーのJose Manuel Martíさんのコメント追加 2019 4/23 タイトル修正 2019 4/26 誤字修正 2019 dockerリンク追記 219 5/9 パラメータ追記 20206/13 ツイート追記 2020 6/14 condaインストール追記 メタゲノミクスによ…
2019 4/29 複数ファイルダウンロード例、8/13 ダウンロード例のコード修正、12/18 インストールエラー修正、12/21 実行例追記 2020 1/21 ダウンロード例のコード修正、4/1 リンク追加 2023/07/22 docker イメージ例追加 タイトルの通りのコマンド。 使い方だ…
2022/09/02 論文引用、Githubリンク修正 性別：それは何の利点があるか？直接的な選択肢が利用可能であるとき、ほとんどの真核生物が繁殖に複雑な迂回路をとる理由は、進化生物学の中心的かつ主として未解決の問題であり続けている。無性生殖を唯一の複製形…
2019 4/17 誤字修正 2020 1/30タイトル修正 2020 2/1リンク追加 次世代シークエンシング（NGS）技術により、研究者はDNAおよびRNAをハイスループットでシーケンシングすることが可能になり、これはゲノミクス、トランスクリプトミクスおよびエピゲノミクスに…
ロングリードシークエンシング技術は、あらゆる種からのトランスクリプトームの体系的な調査を可能にする。ただし、機能評価には5 'から3'への方向を正しく決定する必要がある。 complementary DNA（cDNA）ライブラリーのシーケンシングは、一般に多数のリー…
2019 4/16 コマンド修正 急速にコストが下がる中、Pacific Biosciences（PacBio）やOxford Nanopore Technologies（ONT）のようなロングリードシークエンシング技術がアウトブレイク調査に使われ始めている（Faria et al、2017; Quick et al、2015）。そして…
bamcovは、Florian Breitwieserさん（Github）が公開されている、bamのカバレッジを計算してコンソール上で表示するユーティリティ。 インストール macps10.14でテストした。 Github git clone --recurse-submodules https://github.com/fbreitwieser/bamcov…
2019 5/17 論文引用、タイトル修正 2020 10/9 コマンド修正 2021 9/15 インストール手順追加 2022/06/05 condaインストール追記 この10年間で、次世代シーケンシングテクノロジはスループットを大幅に向上させた。例えば、今日では、20 Gbpの針葉樹ゲノムの5…
2019 10/26 論文引用追加 2020 10/9 インストール手順の誤りを修正 Gene homology type classification は、種を越えてパラログおよびオルソログを同定することからなる。オルソログは共通の先祖遺伝子から分化後に進化した遺伝子であり、パラログはduplicat…
Pacific Biosciences（PacBio）Iso-SeqおよびOxford Nanopore Technologies（ONT）を用いた転写産物のロングリードシークエンシングは、植物[ref.6]、真菌[ref.7]、ウイルス[ref.8]、ヒトなどの複雑なアイソフォームランドスケープの研究の中心となることが…
最近のシークエンシング技術の進歩により、これまで以上に大規模なゲノムデータにアクセスしやすくなり、ゲノム構造およびその種間および種内での多様性の特性評価が可能になった。シーケンシング後のデータの分析は困難な作業である。ハイスループットシー…
The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) は、クエリとデータベース配列との間で共有される類似のサブ配列を迅速に見出す(Altschul et al., 1997)。その用途には、共有された配列の類似性から相同性を推定すること、特徴付けられていない配列に関連す…
smooveは既存のソフトウェアをラップし、構造変異のコールやジェノタイピングを簡単にするため、いくつかのフィルタリングを追加している。フィルタリングにより、smooveは低レベルのノイズを示すスプリアスなアライメントシグナルを削除し、recallを向上さ…
近年の全ゲノムシークエンシング（WGS）の劇的なコスト削減により、数万から数十万のディープシーケンシングされた（> 20倍）個体の包括的な形質関連の解析を行うことを目的とする大規模なヒト遺伝学研究が進行中である。その中で最も重要なものは、NHGRI’s …
2019 5/2 論文追記 構造変異（SV）は、重複、欠失、逆位、挿入、および転座を含む広範な種類の変異である。 SVは、一塩基変異および挿入欠失変異よりも高精度で検出することがより困難であることが知られている。そのため、偽陽性率が高くなる可能性があるこ…
タンパク質データベースのますます加速する成長により配列類似性および配列保存によるタンパク質機能研究に対して大きな可能性が提供される。しかしながら、これらのデータベースに蓄積された膨大な数のタンパク質配列はデータを分析しそしてオーガナイズす…
2022/04/20 タイトル修正 いくつかのプロジェクトはDNA-seq [ref.1]とRNA-seq [ref.2、3]データセットの要約を分析して公表する努力をしている。 NCBIのSRA（Sequencing Read Archive）[ref.4]からメタデータと生データを入手することは、公開されている次世…
生物のゲノムDNAは生物学的にfunctionalな遺伝情報を持っている。生物の全ゲノム配列を解読することは、複雑な生物学研究における基本的なタスクである。以前は、完全なバクテリアゲノム配列を解読するために従来のサンガーシーケンシングが使用されていた。…
種はそれらの遺伝子型および表現型によって一義的に定義することができる。この遺伝子型および表現型は非常に密接に絡み合っており、追加の環境コンポーネントがこの関係の広い理解を複雑にしている。表現型、または形質は、生物の遺伝情報にある程度依存し…
2019 4/11 twitterリンク追記 2020 3/2 関連リンク追加 近年、いくつかのグループが、データの要約ではなく実際のデータをグラフで表示することを提唱している[ref.1-4]。生データは、ヒストグラムやドットプロットなど、さまざまな方法で視覚化できる。デー…
ハイスループットな第二世代シーケンシング技術は、大規模な新規アセンブリを可能にし、そして一般化した。しかしながら、それらのショートリード長は今日でも大きな問題を引き起こしている。１分子リアルタイムシークエンシング（SMRT）およびオックスフォ…
