macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2008

アノテーションパイプライン MAKER

2008年の論文 移植可能で容易に設定可能なゲノムアノテーションパイプラインであるMAKERを開発した。MAKERの目的は、研究者が独立して真核生物ゲノムのアノテーションを行い、ゲノムデータベースを作成することである。MAKERはリピートを識別し、ESTやタンパ…

複数の遺伝子モデルを統合する EVidenceModeler

EVidenceModeler (EVM) は、真核生物の遺伝子構造を自動アノテーションするツールであり、真核生物の遺伝子構造を、利用可能なすべての証拠の重み付きコンセンサスとして報告するものである。EVMは、Program to Assemble Spliced Alignments (PASA)と組み合…

MetaPhlAn3

2022/02/24 kronaのコマンド追記 微生物群集の培養によらない解析は、特にショットガン・メタゲノミクスによる生物学的プロファイリングの手法の進歩により、この10年で劇的に進歩した。マルチオミクス、微生物参照ゲノム、株レベルの多様性へのアクセスがよ…

ノンスペシャリストのための堅牢なphylogenetic analysis webサービス Phylogeny.fr

系統解析は、生物学の多くの研究分野の中心であり、通常、相同な配列の同定、それらのマルチプルアライメント、系統樹再構築、および推定されたツリーのグラフィカルな表現を伴う。 Phylogeny.frプラットフォームは、これらのタスクを自動的に実行するプログ…