2026-05-01から1ヶ月間の記事一覧
細菌は真核生物の宿主と密接に共生する適応能力を幅広く持ち、宿主の成長や健康に有害、中立、あるいは有益な影響を与える。しかし、ニッチ適応に関与する遺伝子のほとんどは未知であり、その機能も十分に明らかにされていない。ここでは、ゲノムアノテーシ…
過去40億年にわたる生命は、タンパク質とその三次元構造への集合能力によって形作られてきた。タンパク質配列アライメントは、生命の系統樹全体におけるタンパク質の進化と機能的適応を解明するための基盤技術となっている。一次配列のみから三次元タンパク…
複雑な微生物群集の特性解析は、微生物とその環境との複雑な関係を理解する上で不可欠であるため、マイクロバイオーム研究における重要な課題である。メタゲノムプロファイリングは、微生物群集の分類学的、機能的、および株レベルのプロファイリング（TFSP…
AI推敲済み Transformerは機械学習に革命をもたらしたが、その内部構造は多くの人にとって依然として不透明である。そこで本著者らは、非専門家がGPT-2モデルを通してTransformerについて学ぶことができるように設計されたインタラクティブな視覚化ツール、T…
Ancestral recombination graphs (ARGs)は、組換えを起こす系統間の遺伝的関係を完全に表現したものであり、集団遺伝学において中心的な重要性を担っている。近年のシミュレーションおよび推論手法の飛躍的進歩により、ARGへの関心が高まっている。しかし、A…
RNAの二次構造（2D）の可視化は、RNAの機能を理解するために不可欠なツールである。R2DTは、RNAの2次構造を、一貫性があり、認識可能で、再現性のあるレイアウトで可視化するために設計されたソフトウェアパッケージである。最新リリースのR2DT 2.0では、一…
１、デザインの変更について 注目記事が表示される件数を50に増やしました。 ２、アクセスログ 久しぶりにアクセスログを見てみました。気づいたら400万アクセスを突破していました。 いつもたくさん見ていただきありがとうございます。励みになります。 ブ…
核局在シグナル（NLS）と核外輸送シグナル（NES）は、核膜孔複合体を介したタンパク質の核細胞質輸送を媒介し、タンパク質機能の重要な決定因子である。しかし、これらのシグナルの短く縮重した配列パターンは、配列ベースの予測手法において偽陽性率が高く…
Codexのアップデートにより、いつでも使える Voice dictation 機能が追加されました。これを使うと、有料のサブスクリプション型音声入力サービスを使わなくても、実用的な音声入力を常に利用できます。条件はCodexが起動中であることだけです。 https://dev…
メタゲノム解析ワークフローは、品質管理やアセンブリからビニング、アノテーション、株レベルのプロファイリングに至るまで、複雑な多段階解析を伴う。既存のメタゲノム解析パイプラインで、柔軟性、再現性、ハイブリッドアセンブリのサポートを統一された…
メタゲノムシーケンスは微生物群集に関する知見を提供するが、サンプル間汚染などの技術的バイアスによってその精度が損なわれる可能性がある。この現象は、同時処理されたサンプル間で微生物成分が意図せず交換されることで発生し、微生物プロファイルを歪…
微生物由来の二次代謝産物（SM）は大きな治療効果を持つ可能性を秘めているが、主に培養種から発見されており、微生物の生物多様性のほんの一部しか表していない。メタゲノミクスの進歩により、生合成遺伝子クラスター（BGC）の宝庫が明らかになったが、ゲノ…
タンパク質とリガンドの相互作用を解明することは、生物学的メカニズムの理解と創薬の加速に不可欠である。事前の知識なしに結合部位を特定するブラインドドッキングは、クライオ電子顕微鏡やAlphaFold3などのAIベースの予測ツールによって生成される膨大な…
タンパク質言語モデル（pLM）は、機能、構造、進化に関する情報をエンコードするタンパク質ごとの埋め込みを生成するが、これらの表現で捉えられた関係を体系的に探索することは依然として困難である。ProtSpace（https://protspace.app）は、pLM埋め込み空…
大規模な細菌比較ゲノム解析には、ゲノムアセンブリとその生物学的コンテキストを記述する包括的なメタデータが必要である。NCBI Genomeにはアセンブリが、BioSampleには採取日、宿主、場所などの重要なコンテキストフィールドが保存されているが、統合され…
2026/05/07 誤字修正, 5/8 Fast search => Fast Research Google NotebookLMは、読み込ませた論文や資料をもとに、要約や質問応答ができるAIノートブックです。複数の論文を読み込ませて論点を整理したり、チャット形式で質問したりと多彩な利用法があります…
