KEGG Orthology (KO) データベースは、ほとんどの微生物の機能アノテーションを行うことができる、広く使われている分子機能参照データベースである。現在、機能的なオルソログをアノテーションするためのKOエントリーに基づく多くのKEGGツールが存在する。…

ファージゲノムアノテーションは、ファージ治療の設計に重要な役割を果たす。これまで、ファージのゲノムアノテーションツールは様々なものがあったが、その多くは単機能のアノテーションに特化したもので、操作プロセスも複雑だった。そのため、ファージゲ…

2023/03/10 追記 メタゲノムシークエンシングは、培養を必要としない複雑な微生物コミュニティの大規模な構成の解析と機能的特徴付けを容易にする。最近のロングリードシーケンス技術の進歩は、長距離情報を利用して、repeat-awareなメタゲノムアセンブリパ…

バクテリオファージとバクテリアの相互作用は、ファージサテライト（バクテリア間の移動にファージを利用する要素）によって影響を受ける。サテライトは、防御システム、抗生物質耐性遺伝子、病原性因子をコードすることができるが、その数や多様性は不明で…

OrthoDBは、真核生物、原核生物、ウイルスの多様なサンプルの遺伝子の進化的・機能的アノテーションを提供する。Orthologyは、急速に拡大するゲノム配列の世界と、遺伝子の機能的知識を結びつける最も正確な方法である。OrthoDBは、最も多様な生物と最高品質…

現在、多くの生物種や個体において、 de novo phased diploid genome assembliesが実現可能である。そのため、アセンブリの精度を検証し、オーソログシーケンスデータによるミスアセンブリを検出し、ダウンストリーム解析を確実に行うための手法が求められて…

クロロプラストゲノムは、植物の系統や進化を研究する上で広く利用されている。クロロプラストゲノムの可視化ツールは、ゲノム上の遺伝子の分布を表示するためにいくつか開発されている。しかし、これらのツールは、エクソン、イントロン、繰り返し要素、可…

タンパク質の構造は、共通の祖先のシグナルを持ち、そのため進化の歴史を再構築するのに役立つ。構造情報推論を迅速に行うために、Structomeというウェブサーバーが開発され、ユーザーはクエリータンパク質に類似した構造を迅速に特定し、構造に基づく系統学…

TRGdbデータベースは、バクテリアの分類学的制限遺伝子(TRG)に特化したリソースである。最新の細菌分類学に基づき、異なる属や種に特異的な遺伝子を包括的に収集している。ユーザーインターフェースは、ブラウズや検索、配列の類似性探索を容易にする。また…

真核生物のゲノム解析は、ゲノム解読法の進歩にもかかわらず、未だエラーフリーには至っていない。真核生物のゲノムアセンブリの問題の中には、対立遺伝子が誤ってパラロガスとしてアセンブリされるケースとして現れる、いわゆる「ハプロタイプ重複」と呼ば…

MediaDive (https://mediadive.dsmz.de) は、専門家が監修した包括的な培養培地データベースで、あらゆる生命領域の4万以上の微生物株について、3200以上の標準培養培地のレシピ、手順、分子組成が収録されている。MediaDiveは、研究・診断ラボでの日常的な…

2023/03/02 プレプリント追記、タイトル修正 wikiより Diamondは、CD-HITやUClustと同様に、ユーザーが定義したクラスタリング基準に基づいて配列をクラスタリングし、セントロイドまたは代表配列のセットを見つけ、クラスタリング基準対セントロイドが満た…

Githubより Miniprotは、タンパク質配列をゲノムに対してアフィンギャップ・ペナルティ、スプライシング、フレームシフ トでアライメントする。Miniprotは、他の既知の種の遺伝子を用いて、新しい種のタンパク質コード遺伝子をアノテーションすることを主な…

2022/8/26 追記 2022/09/07 インストール修正 2023/02/26 論文引用、DB追記 メタゲノム解析は、微生物群集から新規生物を発見することを可能にするが、多くのメタゲノムからは、少数の豊富な生物しか捕らえることができない。そこで、メタゲノム解析と単離ゲ…