demultiplexing
fgbioはディープシーケンシングデータを扱うためのコマンドラインツールキット。リードレベルのデータ(FASTQ、SAM、BAMなど)やバリアントレベルのデータ(VCF、BCFなど)を操作する。特に次のようなものを提供することに重点を置いている(Githubより)。 …
複数の生物を並行して行うハイスループットシーケンス(HTS)(メタバーコーディング)は、環境サンプル中の微生物群集を分析するための日常的で費用対効果の高い方法となっている。しかし、HTSデータの潜在的なエラーを特定するためには、慎重なデータ処理…
このパッケージは、porechop (Ryan Wick)のdemultiplexingオプションに触発されているが、アダプターのトリミングオプションはない - それは単にデマルチプレクサーである。 readucksはPythonバインディングを持つparasailライブラリを使用してペアワイズア…
PacificBiosciences/bam2fastx Converting and demultiplexing of PacBio BAM files into gzipped fasta and fastq files. by @PacificBiosciences - Repository | DevHub.io BAM format specification for PacBio(5.1.0) https://pacbiofileformats.readt…
Multiplexing(バーコード)は、ハイスループットDNAシーケンス能力を複数のサンプルに分散させるために使用される一般的な方法である[ref.1]。各入力DNA試料について、独自のバーコードがシーケンシング用に調製されたDNA分子のライブラリーに組み込まれる…
2019 9/8 インストール追記 2013年のペーパーより ハイスループットシーケンシング(HTS)は、シーケンシングデータの急速な成長率をもたらした。 著者らのラボでは、毎日テラバイトのデータを生成している。 これは通常、バリアントコーラー、定量およびア…
Fossil material 由来などのごく短いDNA断片のハイスループットシーケンスでは、ライブラリーの調製中にインサートにライゲーションされたアダプター配列をシークエンシングする可能性がある[論文より ref.1]。このような汚染はよく知られた問題であり、下流…
sabreはバーコードをdemulitiplexするツール。バーコードを除いたあと、バーコードに従って分割する。バーコードがないリードは別ファイルにまとめて出力される。gzip入力もサポートしている。 インストール Github https://github.com/najoshi/sabre git cl…
2021/10/21, 24 インストール追記 FLEXBARはMultiplexで読んだシーケンスのdemultiplexやアダプタートリミングに使われるツール。柔軟な条件でランできる。よく使われているらしく、現在Flexbar3まで発表されている。解析時間は短く、100Mのリードなら数秒〜…
index (バーコード配列) を設計する際は、判別可能かつ無駄のない適切な長さ、増幅バイアスが起きないようなGC含量、実験データとの干渉がないなどを考える必要がある。それに加えて、index配列に塩基置換、indelなどのシーケンスエラーが起きる可能性がある…