geographic distribution
https://microbeatlas.org/index.html?action=aboutより メタゲノム配列が決定された大規模なサンプル群を集約的に解析することで、未知あるいは研究が不十分な微生物分類群が存在する典型的な存在量や環境に関する情報を蓄積できる。これにより、未知の微生…
heatmap
2016
Nucleic Acids Research
結果の視覚化 (visualization)
sequence clustering
sequence comparison
geographic distribution
SARS-CoV-2
2021 1/19 誤字修正 Heatmapperは自由に利用できるWebサーバであり、ユーザーは使いやすいグラフィカルなインターフェースを使って、データをヒートマップの形でインタラクティブに視覚化することができる。既存の非商用のヒートマップパッケージは、グラフ…
生物種の推定 (taxonomic profiling)
metagenome
metatranscriptome
2016
Methods in Molecular Biology
abundance estimation in metagenomics data
geographic distribution
2022/06/26 追記 分子生物学、とりわけ、微生物群集(メタゲノミクス分野)のハイスループットシーケンシングは、気候変動、環境汚染、人間の健康などに関わる微生物群集の組成と機能的内容の理解を急速に進歩させている。メタゲノミクスは、以前は実験室制…
結果の視覚化 (visualization)
human genome
SNV
geographic distribution
database
web tool
2017
Bioinformatics
Genetic variant の重要な特徴の1つは、その地理的分布である。地理的分布は、対立遺伝子が最初に出現した場所、それがどのようなpopulationsで広がっているのか、ならびにmigration、遺伝的浮動(wiki)、および自然選択がどのように作用したかを明らかにす…