macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

algae

LAIスコアによる連続性の高い植物・藻類ゲノムアセンブリの品質比較を行うサイト PlantLAI

近年のゲノム解読の進歩により、解読されたゲノム数は増加している。しかし、反復配列の存在は植物ゲノムのアセンブリを複雑にしている。LTRアセンブリインデックス(LAI)は、LAIが高いほどアセンブリの質が高いことを意味することから、近年、ゲノムアセン…

教師なしクラスタリングによりロングリードのホストとコンタミ配列を分離するリファレンスフリー法 Symbiont-Screener

2023/03/10 追記 メタゲノムシークエンシングは、培養を必要としない複雑な微生物コミュニティの大規模な構成の解析と機能的特徴付けを容易にする。最近のロングリードシーケンス技術の進歩は、長距離情報を利用して、repeat-awareなメタゲノムアセンブリパ…

専門家が監修した培養メディアデータベース MediaDive

MediaDive (https://mediadive.dsmz.de) は、専門家が監修した包括的な培養培地データベースで、あらゆる生命領域の4万以上の微生物株について、3200以上の標準培養培地のレシピ、手順、分子組成が収録されている。MediaDiveは、研究・診断ラボでの日常的な…

GO enrichment解析データベース agriGO v2.0

2019 6/13 追記 2022 1/7 補足追加 エンリッチメント解析は、大量の遺伝子リストに関連する機能を決定し、生物学的過程を解釈する可能性を高めるための効率的かつ迅速な方法である(ref.1)。Biological processes(BP)、molecular functions(MF)、cell c…