splicing variant
web tool
docker
結果の視覚化 (visualization)
sashimi plot
differential alternative splicing (DAS)
splicing variant
RNA seq
Hi-C
クロマチンの発現、タンパク質-DNA/RNA相互作用、アクセス性、構造などが条件や細胞種によってどのように異なるかを同時に可視化することにより、オルタナティブスプライシングの制御機構や機能的影響について理解を深めることができる。しかし、既存のSashi…
2019
Preprint
RNA seq
Pacbio
Nanopore long read
高速なツール
mapping
Alternative splicing
splicing variant
Iso-Seq
Genome Biology
2019 12/17 論文追記 RNAシークエンシングはトランスクリプトームを特徴付けるための基本的なアプローチとなっている。正確な遺伝子構造を明らかにし、遺伝子/転写産物の発現を定量できる[ref.1-5]、さらにバリアントコーリング[ref.6]、RNA edit/ng解析[ref…
従来のショートリードRNAシークエンシングは、様々な用途における遺伝子発現を定量するために広く使用されている。ショートリードリードは正確で費用効果が高いが、一般に数キロベース長ある全長哺乳動物アイソフォームを解決する能力が欠けている(論文より…