多様なオミクスデータの解析において、PCA、UMAP、t-SNE、変分オートエンコーダーなどの手法を用いて低次元埋め込みを計算することは、一般的かつ重要な前処理ステップである。これらの埋め込みは、サンプル分布とその関係性を包括的に把握することを可能に…

ヒトの健康や病気の形成に腸内細菌叢が果たす複雑な役割は、培養に依存しない分子ベースのハイスループットシーケンシング技術が利用できるようになったこともあって、近年、精力的に調査・研究が行われている。ヒトのすべての宿主は、平均500～1000種の異な…

シーケンシング技術の継続的な進歩により、「オミクス」というレンズを通して生物学的システムを理解する上での限界は、もはやデータの生成ではなく、それを解析する能力にある。重要なことは、この豊富な「-omics」データの多くは一般に公開されており、さ…