PacificBiosciences/bam2fastx Converting and demultiplexing of PacBio BAM files into gzipped fasta and fastq files. by @PacificBiosciences - Repository | DevHub.io BAM format specification for PacBio（5.1.0） https://pacbiofileformats.readt…

8/24 誤字修正 A beginners guide to SNP calling from high-throughput DNA-sequencing data （Andre ́ Altman et al., 2012）より ハイスループットDNAシークエンシング（HTS）は、ライフサイエンスにおいてますます重要になっている。その最も顕著な用途…

2020 3/3 タイトル修正 From Data to Vizは、決定木（wiki）を使ってデータの可視化に適したフォーマットを教えてくれるwebサイト。 From data to Viz | Find the graphic you need 下記の決定木を使い、自分の所有しているデータタイプに適したフォーマット…

2018/12/21 ドラフトアセンブリ追記 2019 6/1 index追記、7/17追記、7/24 誤字修正、8/3 help更新 2020 1/19 追記、7/21 preset parameter追加 2021 1/17, 1/20 例追加、7/3 構成変更、10/9 新しい論文引用 2023/02/13 help更新, 07/06 追記 2024/02/15 分か…

UCSCのゲノムブラウザーなどで使うフォーマット。最初の３列が必須で、オプションでさらに９列情報がつく場合がある。 最初の３列に記載する情報 クロモソームの名前（e.g., chr1) リードや遺伝子のスタートポジション（ポジションは1でなく0スタート） リー…

2019 10/15追記 2020 10/13 リンク削除 GTF（General Transfer Format)）はgeneのアノテーション専用のフォーマットと定義されている。それに対してGFF（General Feature Format）はtranscriptなどにも使えるよりジェネラルなフォーマットとなっている。この…

2018 10/25 追記 2019 8/9 コマンド追記 2020 10/14 vcflibのインストールコマンドを最後に追記 2021 5/15 誤字修正 次世代データからリファンレンスゲノムの変異検出を行うと、Variant Call Format（VCF）という形式で出力されることが多い。VCFの詳細はsam…