Genome Context Viewerは、ゲノム領域をそのミクロおよびマクロシンテニックな構造に基づいて特定、アライメント、可視化するためのウェブアプリケーションである。遺伝子アノテーションのような機能的要素を検索・比較の単位として使用することで、Genome Context Viewerは、連携データソースからの多数のアセンブリにわたる領域間の関係をリアルタイムで計算・表示することができ、ユーザーは、複数のアノテーション付きゲノムを迅速に探索して、機能結果に関連する進化メカニズムへの洞察を助ける分岐や構造イベントを特定することができる。本研究では、Genome Context Viewerのバージョン2を紹介し、使いやすさ、パフォーマンス、導入の容易さを向上させる新機能を紹介する。
インストール
Documentation
Home · legumeinfo/gcv Wiki · GitHub
https://gcv.soybase.org/instructionsにアクセスする。
スタートするにはまず遺伝子名を入力し、
その遺伝子を提供するデータベースを選択する。
公開されているGCVのインスタンスはSoybaseのものとなっており、Soybaseのみ選べる（米国農務省の遺伝・ゲノムデータベース）。Soybaseなのでダイズのゲノムが検索対象となる。GCVは複数のソースから同時にデータを読み込むことができるので、自分でGCVのインスタンスを立ち上げることで（Running GC参照）、独立したプロバイダーがキュレーションしたデータを使って比較解析することができる。
soybaseの３つの遺伝子がヒットした。該当する遺伝子を選択してView selcted genesをクリック。
選択された遺伝子とその周辺の遺伝子からゲノムコンテキストが作成され、類似のゲノムコンテキストとアライメントされる。
出力例
ゲノムコンテキストビューアGCVは、複数のゲノムデータの中から同じようなアノテーションを持つ領域を検索し、共有する機能要素のレベルでアライメント・可視化を可能にする。遺伝子ファミリーの並び順を比較の単位として扱うことで、シンテニックな文脈における遺伝子内容の乖離の程度や様々なタイプのリアレンジメントイベントの存在を直感的に評価できるようになっている（論文より）。
複数遺伝子を選択していた場合、左上のメニューからリファレンスゲノムを切り替え可能。
macro synteny legendにカーソルを合わせるとそのゲノムがハイライトされる。
micro synteny legendにカーソルを合わせるとその遺伝子座がハイライトされる。
特定の遺伝子座をクリックするとそれをクエリとして新しく探索することができる。
より長い領域を比較することもできる。
左上のparameterから設定を変えて再探索することができる。
他にもいくつかの機能があります。アクセスしてみて下さい。
引用
Genome Context Viewer (GCV) version 2: enhanced visual exploration of multiple annotated genomes
Alan M Cleary, Andrew D Farmer
Nucleic Acids Research, Published: 19 May 2023
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