2021-06-01から1ヶ月間の記事一覧
ロングシーケンスリードは、断片化されたショートリードベースのゲノムアセンブリのコンティグ性と完全性を高めるために、理想的には高い精度でアセンブリギャップを閉じることができる。これまでにもいくつかのギャップ解消法が開発されてきたが、これらの…
gzip プログラムで作成したファイルを任意の場所で解凍することは、 DEFLATE 圧縮アルゴリズム（wiki）の性質上、原理的に不可能である。そのため、既存のプログラムでは、並列性を利用してgzipで圧縮された大きなファイルを高速に解凍することができない。…
研究者がゲノムアセンブリを裸で見ることはほとんどない。その代わりに、DNA配列の属性は、統計、アノテーション、高レベルの要約によって媒介される。ここでは、全ゲノムアセンブリーの裸の配列をズーム可能なインターフェースで可視化するソフトウェアを紹…
メタゲノムアセンブリの品質を評価することは、信頼性の高いメタゲノムアセンブリゲノムを構築し、下流の解析を行う上で重要である。ここでは、メタゲノムアセンブリのミスアセンブリを特定し、修正するための機械学習ベースのツールであmetaMIC （https://g…
ゲノム構造の複雑さとそのユニークな構造を理解することは、これらの特徴を表現するために使用される視覚化ツールの能力と関連している。このようなツールは、ゲノムコンテンツの現実的でスケーラブルなバージョンを提供することができなければならない。こ…
オンラインツールの監視を容易にするウェブサービスとリポジトリAviatorを紹介する。Aviatorは、ユーザーフレンドリーなWebサイトと、文献調査をベースにした一般的なモジュールと、手動で精査したモジュールの2つのモジュールで構成されている。一般モジュ…
Githubより nf-core/bactmapは、細菌のWGSから得られたショートリードを参照配列にマッピングし、フィルタリングされたVCFファイルを作成し、VCFファイル内の高品質な位置に基づいてシュードゲノムを作成し、オプションとしてシュードゲノムのアラインメント…
全メタゲノムシーケンス（WMS）は微生物群集を研究するための新しいアプローチである。研究者らはWMSを使用してヒトのマイクロバイオームが結腸癌、細菌性膣炎、糖尿病、クローン病などのさまざまな疾患と密接な関係があることを発見した（Cho and Blaser、2…
2021 7/2, 7/5, 7/6 追記 2021 10/7 論文引用 2021 10/15 ツイート追記 複雑な微生物群集のメタゲノムアセンブルゲノム（MAG）の再構築により、種間・種内の遺伝的多様性が明らかになってきた。しかし、代謝モデリングの取り組みは、ゲノムスケールの代謝モ…
メタゲノム研究は、さまざまな環境下で見られる微生物群集の構成と構造に関する重要な知見を提供している。メタゲノムデータを解析するための技術のうち、ビニングは、存在するさまざまな微生物の種を特徴づけるための重要なステップと考えられている。しか…
Githubより Joinxは、vcfファイルや.bedファイルに含まれるゲノムデータに対して演算（交差、差分など）を行うための軽量ツールである。また、いくつかの限定的な解析機能（コンコーダンスレポート）も提供する。joinxは、入力データが常にソートされている…
過去10年間で、公開されている細菌ゲノムの数は劇的に増加した。ゲノムはシークエンスされ、一般に共有され、その後、系統的な関連性が分析される。疫学的に関心のある2つのゲノムが関連していることがわかれば、さらなる調査が促されるかもしれない。しかし…
MIRAbait: 256bpまでのkmerのための「grep」のようなツール mirabaitは、リードコレクションの中から、ターゲットベイトとして定義された配列と部分的に類似した、あるいは等しいリードを選択する。類似性とは、ベイト配列と選択されるスクリーニング配列の…
メタゲノミクスは、培養されていない微生物や複雑な微生物群集から得られる遺伝情報の研究を促進する。しかし、ほとんどのサンプルは生物の複雑性や株の多様性が高いため、メタゲノミクスデータから完全な微生物ゲノム（ミスアセンブリのない環状）をアセン…
複数の生物を並行して行うハイスループットシーケンス（HTS）（メタバーコーディング）は、環境サンプル中の微生物群集を分析するための日常的で費用対効果の高い方法となっている。しかし、HTSデータの潜在的なエラーを特定するためには、慎重なデータ処理…
2021 11/11 ツイート追加 nf-core/fetchfastqは、公共のデータベースからメタデータと生のFastQファイルを取得するバイオインフォマティクス・パイプラインである。現在、このパイプラインはSRA / ENA / GEOのIDをサポートしている（使用方法のドキュメント…
ヒト腸内細菌叢研究の大きな課題は、検証可能な完全なヒト腸内ゲノムコレクションが一般に公開されていないことである。本著者らは、健康なヒト腸の原核生物ゲノムの包括的なコレクションであるHumgutを作成し、世界的なヒト腸内細菌叢研究の参考とすること…
研究者は、シングルおよびメタゲノムアセンブリの精度を客観的に評価し、それらに含まれる可能性のあるエラーを自動的に検出するための汎用的な手法を必要としている。現在の手法は、リファレンスを必要としたり、アセンブリ品質の多くの側面のうちの1つしか…
2021 6/18 コマンドの間違い修正 2021 9/28 論文引用 2021/10/21 ツイート追加 HPより メタゲノムデータをデノボで組み立て、配列をクラスタリングすることで、未培養生物を含む複数のドラフトゲノムを構築することができる。この目的のために、本著者らは以…
人体の内部または表面に存在する微生物、特に腸内マイクロバイオームは宿主との相互関係の中で生きている。これらの関係は宿主の代謝に重要な貢献をしており、通常、人間の健康には欠かせないものである。腸管のマイクロバイオータ（腸内マイクロバイオータ…
2021 6/19 タイトル修正 ハイスループットのシーケンスデータからゲノム配列をアセンブルすることは，実際には難しい計算問題であることがわかっている．最近のアプローチでは、安価なショートリードデータ（典型的にはIlluminaテクノロジー[1]を使用）と、P…
ISエレメントは、原核生物のゲノムの中で最も小さく、最も多く存在する mobile elementsである。ISエレメントは、ゲノムの構成や進化に重要な役割を果たしていることが示されている。宿主ゲノムにおけるISエレメントの機能をよりよく理解するためには、効果…
マークダウンのビューアを持っていない人に向け、マークダウン記法で書かれた文書（例えばREADME.md）をPDFなどに変換してから送ることがあります。Pandocを使うとこの変換が簡単にできます。 User Guide https://pandoc.org/MANUAL.html Pandoc User’s Guid…
遺伝子の自動機能アノテーションは、ほとんどのゲノムおよびメタゲノムワークフローにおいて基本的なステップであるにもかかわらず、大規模なスケールでは依然として困難である。本研究では、事前に計算されたorthology assignmentsに基づいて機能アノテーシ…
2021 6/4タイトル修正 ロングリードシーケンシングは、ヒトゲノム全体の構造変異の調査をかつてないほど可能にした。このような状況下でロングリードシーケンシングの可能性を最大限に生かすために、主に速度と精度のどちらかに焦点を当てた新しいマッピング…
2021 6/4 更新 RNA-Seqデータの利用とde novoトランスクリプトームアセンブリの生成は、生態学と進化学の研究において重要な役割を果たしてきた。これは、ゲノム情報が利用できない非モデル生物に顕著に当てはまる。しかしながら、遺伝子発現の差異の研究、D…
2021 6/3 誤字修正 系統樹の再構築は、近年、細菌種間の進化関係を解明するための日常的かつ重要な作業となっている。最も広く用いられている方法は、細菌のドメイン全体に普遍的に存在するシングルコピーのコア遺伝子を連結して利用するものである。著者ら…
メタゲノムのアセンブリでは、アセンブリの連続性を高めるために、最初のメタゲノムアセンブリ配列を重複付きで分割して、OLCアセンブラの入力として使用することがある（例えばOPERA-MSやminimus2）。この重複ありのcontigの分割には、pyfastaのsplitコマン…
