近年、ハイスループットなシーケンシングが進んでいるが、微生物集団のメタゲノム解析は依然として困難な状況にある。特に、メタゲノムで構築されたゲノム（MAG）は、種間反復、カバレッジの不均一、菌株数の変動などにより、しばしば断片化されている。MAG…

ゲノム、トランスクリプトーム、その他の微生物オミックスデータの解釈は、十分にアノテーションされたゲノムの利用可能性に大きく依存している。公開されている微生物ゲノムの数が指数関数的に増加し続ける中、品質管理と一貫したアノテーションの必要性が…

メタゲノムシーケンスは、微生物コミュニティのゲノム配列と構成に関する洞察を提供することができるが、メタトランスクリプトーム解析は、微生物コミュニティの機能的活性を研究するために有用であると考えられる。RNA-Seqデータは、コミュニティ内の活性な…

スケッチベースの距離推定に基づく、高速でメモリ効率の良いゲノムクラスターツールRabbitTClustを紹介する。本手法は、次元削減技術とストリーミング、最新のマルチコアプラットフォーム上での並列化を組み合わせることで、大規模データセットの効率的な処…

クロマチンの発現、タンパク質-DNA/RNA相互作用、アクセス性、構造などが条件や細胞種によってどのように異なるかを同時に可視化することにより、オルタナティブスプライシングの制御機構や機能的影響について理解を深めることができる。しかし、既存のSashi…

2023/04/13 ツイート追加 brenameはWindows、Mac OS X、Linuxをサポートする正規表現に対応したファイルのリネームツール。再帰的に複数の階層のファイルとディレクトリ（フォルダ）を同時にリネームしたり、一連のファイルを整数の通し番号にリネームするこ…

複数のメタゲノムサンプルからde novoで株を同定するSTrain Resolution ON assembly Graphs (STRONG)を紹介する。STRONGはメタゲノムアセンブリゲノム(MAG)に対してコアアセンブリとビニングを行い、バリアント簡略化の前にコアアセンブリグラフを保存する。…

シーケンシングデータからRNA修飾を検出するためのハイスループットな抗体不要の方法がいくつか開発されている。ここでは、IlluminaまたはNanoporeプラットフォームをベースとするRNA修飾検出アッセイのための多用途ソフトウェアソリューションおよび包括的…