macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

contigのscaffolding

ゲノムアセンブリと遺伝地図を統合するツール Chromonomer

新しいリファレンスゲノムの配列決定とコンピュータによるアセンブリのペースは加速している。しかし、DNAシーケンシング技術やアセンブルソフトウェアツールは進化し続けているが、反復配列などのゲノムの生物学的特徴や、シーケンシングライブラリの調製に…

ゲノムアセンブリを修正したりscaffoldingするためのツールコレクション RagTag

作物のゲノム解析を進めるためには、高品質な個別ゲノムアセンブリによる効率的な遺伝子システムが必要である。ここでは、アセンブリーのscaffoldingやパッチを自動化するツールセットであるRagTagを紹介し、広く使われているトマトの遺伝子型M82と、機能的…

ロングリードゲノムアセンブリのミスアセンブリ修正およびスキャフォールディングを行う LongStitch

モデル生物や非モデル生物のゲノム研究では、高品質なデノボゲノムアセンブリの作成が不可欠である。近年、ロングリードシーケンシングは、ゲノムアセンブリやスキャフォールディング(ロングレンジ情報を利用してアセンブリされた配列を順番と方向付けする…

ロングリードアセンブリのコンティグからクロモソームへの改善を自動で行う ILRA

近年のロングリードシークエンシング技術の進歩は、大規模なコンソーシアムが地球上のすべての真核生物の配列を決定することを可能にするだけでなく、多くの研究室が関心のある種のゲノム配列を決定することも可能にしている。しかし、コンティグの数は染色…

SOAPdenovo-fusionを使ってmegahit アセンブリのscaffoldingを行う

SOAPdenovo2のレポジトリより MEGAHITは、シングルセルシーケンシングデータとメタゲノムシスデータに対応していおり、SOAPdenovoと比較して、より少ないメモリ消費量でより長いコンティグを生成する。MEGAHITで生成されたコンティグをscaffoldingにするには…

メタゲノムコンティグのscaffoldingを行う MetaCarvel

2021 8/23 インストール手順と実行手順を追記 メタゲノムデータからゲノムセグメントを再構築することは非常に複雑な作業である。リピートやシーケンスエラーなどの一般的な課題に加えて、メタゲノムアセンブリでは、コミュニティ内の生物間のカバレッジの深…

複数リファレンスゲノムを使用したコンティグのスキャホールディングツール Multi-CSAR

ショートリードからゲノム配列をアセンブリするプロセスの重要なステップの一つに、ドラフトゲノム中のコンティグを順序付け、方向付けを行うスキャフォールディングがある。現在、単一のリファレンスゲノムをベースにしたいくつかのスキャフォールディング…

(スモールゲノム)de novoゲノムアセンブリとリファレンスゲノムを比較するGUIツール Contiguity

Contiguityは、de novoゲノムアセンブリの視覚化と操作のためのインタラクティブなソフトウェアである。 Contiguityは、コンティグの隣接関係に関する情報を作成して表示し、アセンブルされたコンティグとリファレンス配列との比較を同時に表示することで、…

第3世代ロングリードを使ってアセンブリのギャップを閉じる TGS-GapCloser

2020 9/8 論文追記 2020 10/2 condaインストール追記 2020 10/9 helpとインストール手順更新 ゲノムシーケンシング技術の開発は、この10年間でコストの削減とムーアの法則を超えるスピードでスループットを向上させてきた[ref.1]。遺伝子配列データベースは…

contigをscaffoldingする Scaffold_builder

#今回からDNAシーケンシング => DNAシークエンシングに統一。 第二世代シークエンシングは、完全なゲノムシークエンシングのための最も費用対効果が高く、すぐに利用可能な技術である。完全なゲノム配列のアセンブリとscaffoldingはしばしば課題のままとなっ…

GAPPadder

急速に発展するハイスループットシーケンステクノロジーにより、シーケンスリードからのde novoゲノムアセンブリは、シーケンステクノロジーの主要なアプリケーションになった。これまでに、多くのゲノムアセンブリソフトウェアツールが開発されている[ref.1…

微生物ゲノムアセンブリの品質と比較ゲノミクス(correspondence要約)

私(論文のオーサー;hereafter、私)の最近の研究では、低品質の細菌ゲノム配列(ここでは「多くのコンティグを含むゲノム配列アセンブリ、最終的には明らかなミスアセンブリと未解決のプラスミド配列」と定義)を扱ってきた。主要な問題は、ゲノムのクオリ…

アセンブリのグラフを可視化し、アセンブリの評価・分析を助ける SGTK

2018 11/27 誤字修正 Scaffoldingはすべてのゲノムアセンブリパイプラインの重要なステップである。scaffoldingにより、メイトペアライブラリやロングリードなどのさまざまなタイプのリンケージ情報を使用してコンティグをより長い配列にアラインできる。 こ…

Procaryotesの自動アセンブリパイプライン Mypro

Pos 最近の全ゲノムシーケンシング(WGS)技術のコストの低下は、様々な原核生物のシーケンシングの増加をもたらした。典型的なゲノミクスプロジェクトでは、データマイニングの前にシーケンシングリードを処理する必要がある(Hasman et al、2014; Rhoads e…

ラージゲノムにも対応したcontigのscaffoldingツール BESST

近年のハイスループットシーケンシング(HTS)技術は、低コストで数百万の短いDNA配列(リードと呼ばれる)を生成するため、デノボアセンブリプロジェクトにとって魅力的である。しかしながら、これらのリードは数百bpの長さしかないため、アセンブラ(例え…

Reference-assisted assemblyのツール: CSARをwebで使える CSAR-web

DNAシーケンシング技術の継続的な進歩により、適度なコストでますます多くのゲノムが迅速にシーケンシングできるようになっている(論文より ref.1)。しかしながら、現在のDNAシーケンシングプラットフォームから生成された膨大な数のリードのアセンブリに…

review article要約 ラージゲノムのシーケンシング解析

はじめに この記事はレビュー論文の要約です。チェックリスト、または思考を整頓するガイドとして使ってください。ただし、この要約で論文を読んだことにはなりません。時間が許す限り原著論文を読むことをお勧めします。review articleは各段落が一般論で構…

ラージゲノムにも対応したReference-assisted assemblyのツール Chromosomer

2019 11/12 コマンド修正 2020 9/15 タイトル変更 染色体の組み立ては、あらゆる真核生物ゲノムプロジェクトの重要な部分である。組み立てられたゲノムの数は毎年増加し、それらの多くは物理的な染色体地図に固定されている[論文より ref.1]。堅牢な黒モソー…

バクテリアのレプリコン情報によってcontigの並びを予測する eRParranger

微生物学では、全ゲノムシーケンシングはもはやユニークなタイプの解析ではなく、現在は個々の研究研究の中で行われている[論文より ref.1,2]。この最近の変化は、大量のデータを効率的に処理するためのバイオインフォマティクスソフトウェアの改善とともに…

   RNAシーケンスデータを使いアセンブルを改善する Rascaf

近年、配列決定されたゲノムの数と多様性が非常に増加している(論文より Reddy et al、2015)。 13,000以上の真核生物が配列決定されているか、配列決定の過程にあり、数百の植物や動物を含むより多くのものが計画されている。大部分のモデル生物は、高品質…

   ペアエンドRNAシーケンスを使いアセンブルを改善する P_RNA_scaffolder

2020 7/12 追記 ゲノムシークエンシングプロジェクトでは、遺伝子の同定は機能的研究と比較分析の基本である。メイトペアライブラリーおよびロングリードは高品質のアセンブリの生成を容易にするが、すべての遺伝子の完全な構造を回復することは困難であり、…

   真核生物ゲノムにも対応したReference-assisted assemblyツール MEDUSA

ショートリードシーケンシングデータのデノボアセンブリでは、通常、断片化された配列セット(コンティグ)が生じる。このようなコンティグの順序および方向の決定は、ゲノムのFinishingに向けた最初の些細ではないステップを表しており、手動編集を必要とす…

似たゲノムと比較してアセンブリのFinishingをサポートするwebツール CONTIGuator2

NGS解析技術の発展により特にバクテリアのゲノム解析が容易になり、関連するゲノムの数も劇的に増加した。しかしゲノムのアセンブリは簡単に自動化することはできない。 事実、ドラフトのギャップを埋めるために、一連のPCRを設計しなければならない。 この…

メイトペア情報を使いスキャホールドの誤りを検出する NxRepair

ゲノムのde novoアセンブリの一般的な方法は、de Bruijnグラフ(論文より Compeau、Pevzner&Tesler、2011)の構築に基づく。最も単純なケースでは、グラフはシングルエンドリードから構成されるが、シングルエンドのリードだけでは、de Bruijnグラフをもつ…

NGSのリード情報を使いスキャッホールドのギャップを埋める FGAP

FGAPはドラフトゲノムのギャップを埋めるためのツール。BLASTを使用して、複数のコンティグをドラフトゲノムアセンブリに対して整列させ、ギャップを埋めるために最良のシーケンスを検出する。ヒトchr14では、ギャップの数を35%減少させたと述べられている…

Reference-assisted assembly CSAR

次世代のシーケンシングの進歩により、膨大な量のショートリードが生成されている。しかしながら、ショートリードからゲノム配列を組み立てることは依然として困難な作業である。ゲノム中の大きなリピートのために、通常、現在のアセンブリツールの多くはシ…

複数のリファレンスを使い精度を上げたReference-assisted assembly Multi-CAR

リファレンスを足場として使い、コンティグからドラフトゲノムを構築するツールがいくつか提案されているが、ターゲットと参照するゲノムとの間に再編成が起きていたり、系統関係が遠いと誤ったスキャッホールドを生成する可能性がある。これは、単一のリフ…

原核生物のReference-assisted assembly CAR

CARは、近縁な生物のゲノムに基づいて、原核生物のゲノムのコンティグを精度よく並べ換えるアセンブリツール。論文中では、様々なリアルデータのコンティグと系統学的に近縁さが異なる20のゲノムを使い、正解と謝りの割合を調べており、競合ツールよりパフォ…

GC-skewと複数アセンブルデータを使ってバクテリアのゲノムアセンブリを改善するGUIツール GFinisher

GFinisherはゲノムのアセンブルで得たコンティグを、似たゲノムの情報と他のアセンブルツールのコンティグ情報を使い、contiguityを改善するツール。始めに似たゲノムにコンティグを貼り付け、他のコンティグ情報も使いターゲットのコンティグを並べ替える。…

ロングリードやcontig情報を使いスキャッホールドのギャップを埋める GMcloser

2019 9/4 インストール追記 NGSのリードやアセンブルしたコンティグを使い、スキャッホールドのギャップを埋めるツールがいくつか発表されているが、オーサーらは、これらのツールに起因するアセンブリのエラー率が、デノボアセンブルで起こるエラー率よりも…