macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Frontiers in Genetics

メタゲノムの高感度分類と柔軟な機能アノテーションのためのパイプライン MEDUSA

メタゲノム研究により、微生物群集の分類学的構成や機能の詳細が明らかになった。完全なメタゲノム解析には、目的別に異なるツールが必要であり、これらのツールの選択とセットアップは依然として困難である。さらに、選択したツールセットは、結果で報告さ…

コピーナンバーバリアント(CNV)のシミュレータ SECNVs

コピーナンバーバリアントは、表現型の変化やヒトの病気に重要な役割を果たすゲノムの複製や欠失である。全ゲノム配列や全エクソーム配列のデータを用いて、コピー数の変異を検出するソフトウェアが数多く開発されている。しかし、これらのアプリケーション…

全ゲノムのヌクレオチドを可視化する FluentDNA

研究者がゲノムアセンブリを裸で見ることはほとんどない。その代わりに、DNA配列の属性は、統計、アノテーション、高レベルの要約によって媒介される。ここでは、全ゲノムアセンブリーの裸の配列をズーム可能なインターフェースで可視化するソフトウェアを紹…

オルガネラゲノムをプロットするオンラインプログラム Chloroplot

ゲノム構造の複雑さとそのユニークな構造を理解することは、これらの特徴を表現するために使用される視覚化ツールの能力と関連している。このようなツールは、ゲノムコンテンツの現実的でスケーラブルなバージョンを提供することができなければならない。こ…

Metagenomic contigsの分析と可視化のための自動化されたパイプライン MetaErg

2019/10/24 MetaCycの結果追記 2021 1/27 誤字修正 ゲノムアノテーションは、文字通り、アセンブリされたDNA分子の特徴の注釈である。そのような特徴は、そもそも、タンパク質をコードする遺伝子[「オープンリーディングフレーム」(ORF)]およびリボソーム…

(Omics向け) 従来のベン図表現を拡張する DiVenn

ハイスループットデータ技術の進歩により、詳細な分析なしに膨大な量の遺伝子発現データが生成されてきた。例えば、INVEX (Xia et al., 2013)、ExAtlas (Sharov et al., 2015)、そしてWebGIVI (Sun et al., 2017)などのいくつかのウェブベースの視覚化ツール…

バリアントのフィルタリングを行うSnpSift

2021 9/29 タイトル修正(変異 => バリアント), help追加 以前SnpEffというバリアントのアノテーションを行うことができるツールを紹介した(リンク)。このツールにはもう一つSnpSiftというツールが同梱されている。SnpSiftはバリアントコール結果のVCF…