macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

EM algorithm

nanopore direct RNA seq(DRS)の転写産物量を正確に定量する NanoCount

2022/02/15 追記、コマンド修正 遺伝子やアイソフォームの発現変化を正確に定量することは、細胞の機能、分化、疾病の理解に不可欠である。ロングリードDirect RNA Sequencing (DRS) を用いた完全長ネイティブRNAのシーケンスは、RNAの断片化、cDNA合成、PCR…

ロングリードRNA seqの転写産物レベルのリードカウントとスプライシングアイソフォーム検出を行う LIQA

2021 1/28 カテゴリ追加、タイトル修正 ロングリードRNAシーケンシング(RNA-seq)技術により、転写産物全長の配列決定が可能となり、従来のショートリードRNA-seqよりもアイソフォーム特異的な遺伝子発現の探索が容易になった。しかし、ロングリードRNA-seq…

転写産物レベルで正確なリードカウントを行う RSEM

2021 1/9 タイトル修正 2021 1/15 コマンドと説明追記 2021 4/27 ベンチマーク論文追加2021 10/8 2021 10/8 gzipped fastqのオプション追記 RNA-Seqは転写産物の量を測定する方法に革命を起こしている。RNA-Seqデータからのトランスクリプトの定量における重…